#author("2024-04-09T05:19:51+00:00","default:abebioinfo","abebioinfo")
#author("2024-04-09T05:21:43+00:00","default:abebioinfo","abebioinfo")
[[Member]]
*過去の在籍者 [#fa6c53f6]
**令和５年（2023年度）卒業生 [#idee3a40]
***博士 [#j9aede1f]
--奥長 正基
---博士論文：
---博士論文：人工環境水における微生物叢動態の解明に関する研究
***修士 [#w62e25fe]
--和泉 直樹
---細菌ゲノム単体からの水平伝播領域推定法の検討
--井畑 綾乃
---メタゲノム解析による浄化槽の微生物叢の解明
--柏崎 航佑
---塩基・アミノ酸配列解析システムの開発とその活用
--川井 良哉
---新潟県における新型コロナウイルスのゲノム疫学調査に基づく感染特徴の把握とその考察
--杵鞭 龍之介
---ウイルスタンパク質に存在するShort Linear Motifの探索手法の開発
--内藤 舞
---BLSOMを用いた水平伝播遺伝子の検出による南極由来Rhodoferax属の環境適応戦略に関する考察
***学部 [#g924314b]
--大輪 一貴
---一括学習型自己組織化マップを用いたトリインフルエンザに関わるゲノムの比較解析
--齋藤 駿樹
---日本国内の環境サンプルを対象とした一括学習型自己組織化マップによる生物系統推定
--守屋 憲史
---Transformerを用いたウイルスゲノム由来配列識別法の開発
--新保 ほなみ
---最適コドン表とコドン最適指標の提供システムの開発
--土手内 宝
---タンパク質立体構造情報を用いた機能類似タンパク質群抽出方法の検討
--加藤 正太郎
---種数4の標準曲線におけるS_3 ガロア直線について
--藤島 康太
---階層成長型自己組織化マップを用いたゲノム配列解析
--鈴木 吾門
---教師あり機械学習を用いた原核生物系統分類法の検討
**令和４年（2022年度）卒業生 [#sf5c41d7]
***修士 [#d88a6f08]
--古川 流輝
---修士論文：新型コロナウイルスの地域流行株の検出と体系化
--前田 幸一
---修士論文：教師あり機械学習による環境メタゲノム配列群からのウイルスゲノム探索手法の開発
--宮一 昇平
---修士論文：機械学習を活用した新型コロナウイルス分岐群の特徴検出とその考察
***学部 [#z8437d51]
--荒井 涼
---卒業論文：アミノ酸配列の連続アミノ酸分散表現によるタンパク質の機能推定システムの開発
--倉品 快晴
---卒業論文：バイオインフォマティクスに関する知識を用いたゲームアプリの提供による当分野への招待
--中野 梓
---卒業論文：水平伝播遺伝子に着目した南極由来Cryobacterium属細菌における低温環境適応の解明
--中野 航志
---卒業論文：新型コロナウイルスの系統トレンド変遷の理解に向けたプログラムの開発とその考察
--藤田 啓輔
---卒業論文：連続塩基組成に基づくファージゲノムのライフサイクルによる判別の検討
--三井 紀幸
---卒業論文：コドン組成に基づく主成分分析による細菌群の環境性状に関する特徴抽出
--吉田 宏夢
---卒業論文：マダニゲノムにおける細菌由来水平伝播遺伝子候補の検出
--渡辺 悠介
---卒業論文：転移学習を用いた胸部レントゲン画像からの肺結節陰影検出方法とその前処理による精度向上の検討
**令和３年（2021年度）卒業生 [#u34b2bee]
***修士 [#hed8cc08]
--矢﨑 堅太郎
---修士論文：ディリクレ過程混合ガウスモデルを用いたメタゲノム配列内の優占微生物クラスタ検出法の開発
***学部 [#dfb41696]
--和泉 直樹
---卒業論文：変分エンコーダを用いた微生物叢データの可視化によるレジオネラ属菌と関係のある微生物の探索
--井畑 綾乃
---卒業論文：一塩基多型（SNP）情報に基づく清酒酵母の特性の解明
--柏﨑 航佑
---卒業論文：複数のモチーフ配列探索及びアミノ酸配列内の探索モチーフの可視化プログラムの開発
--川井 良哉
---卒業論文：新潟におけるゲノム情報に基づく新型コロナウイルスの感染動向調査
--杵鞭 龍之介
---卒業論文：TransformerによるShort Linear Motif（SLiM）を保有するタンパク質の探索
--小松 桃歌
---卒業論文：新型コロナウイルスの変異情報の整理とそれらを活用した可視化方法の検討
--内藤 舞
---卒業論文：南極由来Rhodoferax属細菌の水平伝播遺伝子探索とアミノ酸組成解析による低温環境適応と進化の解明
---令和3年度卒業研究優秀賞受賞
**令和２年（2020年度）卒業生 [#md4d9c2b]
***博士 [#zb4f47b8]
--丹野 嘉信
---博士論文：接続相手を考慮した適合化通信の研究 -単線下における通信速度のハンドシェイク手法の提案-
***修士 [#qe08e4c1]
--小田 健太郎
---修士論文：メッセージング・ネットワークを用いたマルチフォーマット・マルチプロトコルに柔軟に対応可能な情報基盤
--鎌田 大吾
---修士論文：MQTTのための汎用的な負荷分散アーキテクチャの検討
--小竹 正人
---修士論文：連続塩基組成に基づくウイルス由来ゲノム配列識別法の開発
--寺口 光樹
---修士論文：情報フローティングを用いたセンサネットワークの情報蓄積性能に関する実験的検討
***学部 [#jba148df]
--熊谷 建男
---卒業研究：イラスト制作における資料画像収集補助アプリケーションの開発
--田所 拓馬
---卒業研究：深層学習を用いた混合ゲノム分割問題の解決とその評価
--古川 流輝
---卒業研究：比較ゲノム解析による新型コロナウイルスゲノムの体系化と流行過程の解明
--前田 幸一
---卒業研究：連続塩基組成を用いた教師あり機械学習による水平伝播遺伝子候補検出法の開発
--宮一 昇平
---卒業研究：線形判別分析(LDA)を用いた新型コロナウイルスゲノム解析によるウイルス型特有の変異パターンの検出
---令和2年度卒業研究優秀賞受賞
--宮嶋 宣暁
---卒業研究：日本酒文化の発展に向けたSNSを用いた日本酒の興味・関心データの可視化
**令和元年（2019年度）卒業生 [#ta9acc11]
***修士 [#o7eefe2d]
--伊藤 朔
---修士論文：ウイルスタンパク質に対するSLiM候補検出法の開発
--伊藤 良祐
---修士論文：系統地理解析に基づく日本国内におけるRSウイルスの伝播パターンに関する考察
--久代 健太
---修士論文：浴槽中の微生物叢解明に向けた微生物叢解析システムの開発
--松田 直也
---修士論文：連続塩基組成に基づくウイルスゲノムの宿主域の多様性の解明
***学部 [#p3f7e292]
--梅木 貫汰
---卒業研究：南極由来細菌 Flavobacterium 属が水平伝播で獲得した遺伝子機能に関する考察
--江部 望美
---卒業研究：最適コドン表の提供システムの開発
--奥村 真希
---卒業研究：比較メタゲノム解析による活性汚泥の細菌叢の特徴の検出
--斉藤 晃輝
---卒業研究：コドン組成に基づく葉緑体ゲノム比較
--中谷内 晃大
---卒業研究：ゲノム情報に基づく清酒酵母の多様性の解明
--真島 正成
---卒業研究：tRNA遺伝子アノテーション利用に向けたニューラルネットワークの有効性の検討
--矢崎 堅太郎
---卒業研究：連続塩基頻度に基づく未知微生物検出法の開発に向けたDPGMMの有効性の検討
**平成30年度（2018年度）卒業生 [#s4e9f78d]
***修士 [#pf48ccd6]
--赤澤 優
---修士論文：南極由来細菌における低温適応戦略の解明
--田中 悠太郎
---修士論文：一括学習型自己組織化マップの高速化· 大規模解析化に向けたアルゴリズムの改良
--清野吉男
---修士論文：単語出現比率に着目した文書極性判定
--土田 峻
---修士論文：ハイブリッド照合による類似商標画像検索の改良
--藤田 由剛
---修士論文：水平伝播遺伝子からみた植物ゲノムの多様性獲得過程の解明
--山本 元気
---修士論文：集合写真から顔写真付き名簿を生成するシステムの研究開発
--吉田 太一
---修士論文：文脈情報に着目した未知語の重要度推定
***学部 [#u25011d2]
--五十嵐 悠貴
---卒業研究：X-means法を利用したメタゲノム配列群からの生物系統由来クラスタの検出
--井田恭輔
---卒業研究：tRNA予測システムのアプリケーション化
--小竹正人
---卒業研究：教師あり機械学習による生物系統の推定
--目黒幸輝
---卒業研究：微生物のゲノム情報を利用したゲーム開発によるバイオインフォマティクスへの招待
---作成ゲームサイト：[[Microns>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/Microns]]
---第9回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ優秀賞
--柳田駿介
---卒業研究：tRNA遺伝子の系統特異性の検出
**平成29年度（2017年度）卒業生 [#u43203e8]
***修士 [#nab95b00]
--小川 優大
---修士論文：自己圧縮BLSOMを活用したメタゲノム配列に対する生物系統推定手法の開発とその応用
--齋藤 英司
---修士論文：tRNA遺伝子データベースtRNADB-CEの高度化に向けたtRNA専門家の知見を組み込んだtRNA予測手法の開発
--馬場 一郎
---修士論文：一括学習型自己組織化マップを用いた比較ゲノム解析システムの開発
--藤元 一哉
---修士論文：インフルエンザウイルスゲノムのセグメント交換に着目した進化過程の解明
***学部 [#r1ccee69]
--植田 翔太
---卒業研究：機械学習を活用したtRNA遺伝子識別法の確立
--冨澤 広将
---卒業研究：ゲノム配列解析におけるAffinity Propagationの有用性
--松田 直也
---卒業研究：連続アミノ酸組成に基づくインフルエンザウイルスゲノム解析
--大竹 将司
---卒業研究：連続アミノ酸組成の類似性に基づくタンパク質機能推定Webシステムの開発
--伊藤 良祐
---卒業研究：系統地理的解析によるRSウイルスの拡散経路の解明
**平成28年度（2016年度）卒業生 [#sd2de835]
***修士 [#y3e93c53]
--五十嵐 諒
---修士論文：連続アミノ酸組成の類似性に基づくタンパク質機能推定システムの開発
--佐藤 研朗
---修士論文：メタゲノム配列群集からのウイルス叢解明手法の開発
--松本 光司
---修士論文：異種共生関係に着目した水平伝播遺伝子候補検出法の開発とその共進化機構の解明
--矢坂 拓
---修士論文：マウス亜種間差解明に向けた遺伝子発現解析
***学部 [#xcd9b864]
--赤澤 優
---卒業論文：遺伝子の水平伝播とアミノ酸組成からみた比較ゲノム解析に基づく微生物の南極環境への
適応戦略の解明
---平成28年度卒業研究優秀賞受賞
--田中 悠太郎
---卒業論文：一括学習型自己組織化マップのGPU環境での実装とその考察
--藤田 由剛
---卒業論文：SC-BLSOMに基づく水平伝播候補領域検出法に関する考察と蚊ゲノムへの適用
--溝口 雅哉
---卒業論文：連続アミノ酸頻度比較用並列化プログラムの開発とその考察
--山田 裕之
---卒業論文：small RNAの水平伝播から見たダニと共生微生物間の共進化過程の解明
**平成27年度（2015年度）卒業生 [#rdaeed7b]
***修士 [#t72ba778]
--金田 卓馬
---修士論文：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）法と学習ベクトル量子化（LVQ）法を組み合わせたインフルエンザ
ウイルスゲノムからの特徴抽出
--石田 恭平
---修士論文：自動クラスタ抽出法の開発とメタゲノム配列解析への適応
***学部 [#v4ada221]
--小川 優大
---卒業研究：自己圧縮BLSOMを用いたメタゲノム配列に対する生物系統推定手法の開発
--齋藤 英司
---卒業研究：tRNADB-CEとtRNA専門家の知識を組み合わせたtRNA遺伝子予測プログラムの開発
--中道 真喜
---卒業研究：南極の湖沼生物圏のBacteroidetes門などを対象とした極限環境適応戦略の解明
--藤元 一哉
---卒業研究：BLSOMに基づいた比較ゲノム解析によるコロナウイルスゲノムの特徴の解明
--吉田 惇一郎
---卒業研究：南極の湖沼生物圏のAlphaproteobacteria綱を対象とした極限環境適応戦略の解明
**平成26年度（2014年度）卒業生 [#z9b6ff5e]
***修士 [#oc80605b]
--菊地 亮仁
---修士論文：自己圧縮BLSOM（一括学習型自己組織化マップ）による比較ゲノム解析法の開発
--髙橋 慎司
---修士論文：メタゲノム配列からの微生物群集構造抽出法の確立とその応用
--舩山 俊介
---修士論文：異種共生関係における遺伝子の水平伝播過程の検出法の確立とその応用
--吉田 朋央
---修士論文：極限環境適応における微生物ゲノムの進化過程の解明
***学部 [#tdc316ed]
--五十嵐 諒
---卒業研究：連続アミノ酸頻度に基づくタンパク質機能推定法の開発
--佐藤 研朗
---卒業研究：メタゲノム配列群集からのウイルスゲノム検出法の開発
--本間 領太
---卒業研究：tRNA遺伝子データベースtRNADB-CEを活用したtRNA遺伝子予測システムの構築
--松本 光司
---卒業研究：比較ゲノム解析による原虫ゲノムの多様性の解明
--矢坂 拓
---卒業研究：マウス亜種間における遺伝子発現量比較解析
**平成25年度（2013年度）卒業生 [#y604233d]
***学部[#f5ea92d9]
--石田 恭平
---卒業研究：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）クラスタリング結果からの自動クラスタ抽出法の開発
--市川 圭介
---卒業研究：環境微生物群集の地球レベルでの俯瞰的把握に向けた海洋メタゲノム配列を対象にした比較解析
--大蔵 徳丸
---卒業研究：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）を用いたタンパク質機能推定システムの開発
--熊谷 鷹佑
---卒業研究：メタゲノム解析による活性汚泥中に生息する有用な微生物の探索
--原田 月史
---卒業研究：配列位置情報を考慮した塩基組成計算法による機能性RNAからの特徴抽出
**平成24年度（2012年度）卒業生 [#f0739cfb]
***学部 [#z28d6b1f]
--江原 千尋
---卒業研究：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）解析のための塩基組成を考慮した連続塩基配列組成計算法の確立
--金田 卓馬
---卒業研究：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）法と学習ベクトル量子化（LVQ）法を組み合わせた水平伝播候補遺伝子探索法の開発
--菊地 亮仁
---卒業研究：自己圧縮型BLSOM (一括学習型自己組織化マップ) の開発
---[[平成24年度卒業研究優秀賞受賞>http://www.ie.niigata-u.ac.jp/award.html#s2]]
--後藤 大起
---卒業研究：tRNA遺伝子データベースtRNADB-CEを活用したtRNA遺伝子予測ワークフローの開発
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