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Bioinformatics Laboratory

准教授　阿部　貴志 †

  • 新潟大学　研究者総覧
  • メールアドレス：ｔａｋａａｂｅ＠ｉｅ．ｎｉｉｇａｔａ－ｕ．ａｃ．ｊｐ[半角に直して下さい]
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大学院博士前期課程2年 †

  • 赤澤 優
  • 田中 悠太郎
  • 土田 峻
  • 藤田 由剛
  • 吉田 太一
  • 山本 元気
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大学院博士前期課程1年 †

  • 伊藤 朔
  • 伊藤 良祐
  • 久代 健太
  • 松田 直也
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学部4年生 †

  • 五十嵐 悠貴
  • 井田恭輔
  • 小竹正人
  • 目黒幸輝
  • 柳田駿介
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過去の在籍者 †

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平成29年度卒業生 †

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修士 †

  • 小川　優大
    • 自己圧縮BLSOMを活用したメタゲノム配列に対する生物系統推定手法の開発とその応用
  • 齋藤　英司
    • tRNA遺伝子データベースtRNADB-CEの高度化に向けたtRNA専門家の知見を組み込んだtRNA予測手法の開発
  • 馬場　一郎
    • 一括学習型自己組織化マップを用いた比較ゲノム解析システムの開発
  • 藤元　一哉
    • インフルエンザウイルスゲノムのセグメント交換に着目した進化過程の解明
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学部 †

  • 植田 翔太
    • 機械学習を活用したtRNA遺伝子識別法の確立
  • 冨澤 広将
    • ゲノム配列解析におけるAffinity Propagationの有用性
  • 松田 直也
    • 連続アミノ酸組成に基づくインフルエンザウイルスゲノム解析
  • 大竹 将司
    • 連続アミノ酸組成の類似性に基づくタンパク質機能推定Webシステムの開発
  • 伊藤 良祐
    • 系統地理的解析によるRSウイルスの拡散経路の解明
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平成28年度卒業生 †

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修士 †

  • 五十嵐　諒
    • 修士論文：連続アミノ酸組成の類似性に基づくタンパク質機能推定システムの開発
  • 佐藤　研朗
    • 修士論文：メタゲノム配列群集からのウイルス叢解明手法の開発
  • 松本　光司
    • 修士論文：異種共生関係に着目した水平伝播遺伝子候補検出法の開発とその共進化機構の解明
  • 矢坂　拓
    • 修士論文：マウス亜種間差解明に向けた遺伝子発現解析
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学部 †

  • 赤澤　優
    • 卒業論文：遺伝子の水平伝播とアミノ酸組成からみた比較ゲノム解析に基づく微生物の南極環境への
      適応戦略の解明
  • 田中　悠太郎
    • 卒業論文：一括学習型自己組織化マップのGPU環境での実装とその考察
  • 藤田　由剛
    • 卒業論文：SC-BLSOMに基づく水平伝播候補領域検出法に関する考察と蚊ゲノムへの適用
  • 溝口　雅哉
    • 卒業論文：連続アミノ酸頻度比較用並列化プログラムの開発とその考察
  • 山田　裕之
    • 卒業論文：small RNAの水平伝播から見たダニと共生微生物間の共進化過程の解明
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平成27年度卒業生 †

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修士 †

  • 金田　卓馬
    • 修士論文：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）法と学習ベクトル量子化（LVQ）法を組み合わせたインフルエンザ
      ウイルスゲノムからの特徴抽出
  • 石田　恭平
    • 修士論文：自動クラスタ抽出法の開発とメタゲノム配列解析への適応
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学部 †

  • 小川　優大
    • 卒業研究：自己圧縮BLSOMを用いたメタゲノム配列に対する生物系統推定手法の開発
  • 齋藤　英司
    • 卒業研究：tRNADB-CEとtRNA専門家の知識を組み合わせたtRNA遺伝子予測プログラムの開発
  • 中道　真喜
    • 卒業研究：南極の湖沼生物圏のBacteroidetes門などを対象とした極限環境適応戦略の解明
  • 藤元　一哉
    • 卒業研究：BLSOMに基づいた比較ゲノム解析によるコロナウイルスゲノムの特徴の解明
  • 吉田　惇一郎
    • 卒業研究：南極の湖沼生物圏のAlphaproteobacteria綱を対象とした極限環境適応戦略の解明
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平成26年度卒業生 †

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修士 †

  • 菊地 亮仁
    • 修士論文：自己圧縮BLSOM（一括学習型自己組織化マップ）による比較ゲノム解析法の開発
  • 髙橋 慎司
    • 修士論文：メタゲノム配列からの微生物群集構造抽出法の確立とその応用
  • 舩山 俊介
    • 修士論文：異種共生関係における遺伝子の水平伝播過程の検出法の確立とその応用
  • 吉田 朋央
    • 修士論文：極限環境適応における微生物ゲノムの進化過程の解明
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学部 †

  • 五十嵐 諒
    • 卒業研究：連続アミノ酸頻度に基づくタンパク質機能推定法の開発
  • 佐藤 研朗
    • 卒業研究：メタゲノム配列群集からのウイルスゲノム検出法の開発
  • 本間 領太
    • 卒業研究：tRNA遺伝子データベースtRNADB-CEを活用したtRNA遺伝子予測システムの構築
  • 松本 光司
    • 卒業研究：比較ゲノム解析による原虫ゲノムの多様性の解明
  • 矢坂 拓
    • 卒業研究：マウス亜種間における遺伝子発現量比較解析
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平成25年度卒業生 †

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学部 †

  • 石田 恭平
    • 卒業研究：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）クラスタリング結果からの自動クラスタ抽出法の開発
  • 市川 圭介
    • 卒業研究：環境微生物群集の地球レベルでの俯瞰的把握に向けた海洋メタゲノム配列を対象にした比較解析
  • 大蔵 徳丸
    • 卒業研究：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）を用いたタンパク質機能推定システムの開発
  • 熊谷 鷹佑
    • 卒業研究：メタゲノム解析による活性汚泥中に生息する有用な微生物の探索
  • 原田 月史
    • 卒業研究：配列位置情報を考慮した塩基組成計算法による機能性RNAからの特徴抽出
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平成24年度卒業生 †

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学部 †

  • 江原　千尋
    • 卒業研究：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）解析のための塩基組成を考慮した連続塩基配列組成計算法の確立
  • 金田　卓馬
    • 卒業研究：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）法と学習ベクトル量子化（LVQ）法を組み合わせた水平伝播候補遺伝子探索法の開発
  • 菊地　亮仁
  • 後藤　大起
    • 卒業研究：tRNA遺伝子データベースtRNADB-CEを活用したtRNA遺伝子予測ワークフローの開発