Codon Usage Generator

Bioinformatics Laboratory

Codon Usage Generator (CUG)†

本プログラムは，コドン組成を計算するためのソフトウェアです．
お手持ちのCDS塩基配列のFASTAファイルを入力すれば，各種（度数，百分率，千分率，相対コドン頻度（Relative codon frequency），相対同義語コドン頻度（Relative synonymous codon usage）を，入力された全CDSと各CDSについて計算を行い，出力します．
コドン組成の計算は，単一ゲノムの遺伝子配列が格納されたマルチFASTAファイル，もしくは，複数ゲノムのFASTAファイルに対する一括処理も可能です．
出力結果は，CSV形式で保存可能です．

ソフトウェアのダウンロード†

ご使用のOSで利用可能なプログラムを以下よりダウンロードください．

• Windows
• Mac
• Linux

利用方法については，READMEファイルをご確認ください．
公開日：2020/4/8
Version: 2.4

更新情報†

1. Version 2.0 の出力結果において，「1st letter GCと3rd letter GCのカウント数と百分率が入れ替わっていた」バグがあったため，修正しました．（2019年1月10日）
2. Version 2.1の出力結果表示画面において，表示不具合があったため，修正しました．（2019年2月12日）
3. Version 2.2の出力結果において，【相対コドン頻度（Relative codon frequency）】と【相対同義語コドン頻度（Relative synonymous codon usage）】の計算結果に不具合があったため，修正しました．（2019年11月26日）
4. Version 2.3の出力結果表示の不具合を修正しました．

参考文献†

1. Kanaya S, Yamada Y, Kudo Y, Ikemura T (1999) Studies of codon usage and tRNA genes of 18 unicellular organisms and quantification of Bacillus subtilis tRNAs: gene expression level and species-specific diversity of codon usage based on multivariate analysis. Gene, 238, 143-155.
2. Haruo Suzuki, Celeste J. Brown, Larry j. Forney, and Eva M (2008) Comparison of Correspondence Analysis Methods for Synonymous Codon Usage in Bacteria. DNA research, 15, 357-365.

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