新型コロナウイルスゲノムAI解析 の履歴(No.1)

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  • 1 (2021-11-30 (火) 11:16:02)
  • 2 (2022-03-31 (木) 15:34:05)

Bioinformatics Laboratory

新型コロナウイルスゲノムに対する連続塩基組成に基づくAI解析（BLSOM（一括学習型自己組織化マップ）解析）による学習結果であり，Data Science Journalに2021年に発表した論文のものとなる．

解析データセット：170,190配列（GISAIDから2020年11月4日にダウンロード）

以下の学習結果は，BLSOM Viewerで閲覧可能である．

１．N（ATGC以外の塩基）が10%未満の解析データセットでの解析結果

	解析データセット：167,905配列

１－A:5連続塩基塩基頻度での解析結果

	[学習後のリファレンスベクトル>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/data/DSJ_data/N10/Penta/weight.100]
	[解析データセットの分類結果>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/data/DSJ_data/N10/Penta/out_each_clade]

１－B:5連続塩基のオッズ比での解析結果

	[学習後のリファレンスベクトル>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/data/DSJ_data/N10/oddPenta/weight.100]
	[解析データセットの分類結果>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/data/DSJ_data/N10/oddPenta/out_each_clade]

２．N（ATGC以外の塩基）が1%未満の解析データセットでの解析結果
解析データセット：130,753配列
２－A:5連続塩基塩基頻度での解析結果

	[学習後のリファレンスベクトル>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/data/DSJ_data/N1/Penta/weight.100]
	[解析データセットの分類結果>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/data/DSJ_data/N1/Penta/out_each_clade]

２－B:5連続塩基のオッズ比での解析結果

	[学習後のリファレンスベクトル>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/data/DSJ_data/N1/oddPenta/weight.100]
	[解析データセットの分類結果>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/data/DSJ_data/N1/oddPenta/out_each_clade]

本データに対する問い合わせ先
阿部貴志（新潟大学）