Codon Usage Generator のバックアップの現在との差分(No.4)


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[[Bioinformatics Laboratory]]

*Codon Usage Generator (CUG) [#i678b0aa]
本プログラムは,コドン組成を計算するためのソフトウェアです.
お手持ちのCDS塩基配列のFASTAファイルを入力すれば,各種(度数,百分率,千分率,相対コドン頻度(Relative codon frequency),相対同義語コドン頻度(Relative synonymous codon usage))を,入力された全CDSと各CDSについて計算を行い,出力します.
お手持ちのCDS塩基配列のFASTAファイルを入力すれば,各種(度数,百分率,千分率,相対コドン頻度(Relative codon frequency),相対同義語コドン頻度(Relative synonymous codon usage)を,入力された全CDSと各CDSについて計算を行い,出力します.
コドン組成の計算は,単一ゲノムの遺伝子配列が格納されたマルチFASTAファイル,もしくは,複数ゲノムのFASTAファイルに対する一括処理も可能です.
出力結果は,CSV形式で保存可能です.

**ソフトウェアのダウンロード [#p7329c55]
プログラム([[CUG>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/CUG/CUG2.zip]])をクリックしてダウンロードください.
ご使用のOSで利用可能なプログラムを以下よりダウンロードください.
-[[Windows>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/CUG/CUGver2.4_Windows.zip]]
-[[Mac>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/CUG/CUGver2.4_macOS.zip]]
-[[Linux>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/CUG/CUGver2.4_Linux.zip]]

利用方法については,READMEファイルをご確認ください.
公開日:2018/09/05
Version: 2.0
公開日:2020/4/8
Version: 2.4

**動作環境 [#kc7a082e]
お使いのPCのOSに関係なく動作しますが、Javaで開発しておりますので、Java実行環境であるJRE(Java Runtime Environment)(≧Version 8)のインストールが必須となります。
***更新情報 [#c7b8a834]
+Version 2.0 の出力結果において,「1st letter GCと3rd letter GCのカウント数と百分率が入れ替わっていた」バグがあったため,修正しました.(2019年1月10日)
+Version 2.1の出力結果表示画面において,表示不具合があったため,修正しました.(2019年2月12日)
+Version 2.2の出力結果において,【相対コドン頻度(Relative codon frequency)】と【相対同義語コドン頻度(Relative synonymous codon usage)】の計算結果に不具合があったため,修正しました.(2019年11月26日)
+Version 2.3の出力結果表示の不具合を修正しました.

**参考文献 [#jf817ad8]
+Kanaya S, Yamada Y, Kudo Y, Ikemura T (1999) Studies of codon usage and tRNA genes of 18 unicellular organisms and quantification of Bacillus subtilis tRNAs: gene expression level and species-specific diversity of codon usage based on multivariate analysis. Gene, 238, 143-155.
+Haruo Suzuki, Celeste J. Brown, Larry j. Forney, and Eva M (2008) Comparison of Correspondence Analysis Methods for Synonymous Codon Usage in Bacteria. DNA research, 15, 357-365.

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