Codon Usage Generator の履歴の現在との差分(No.1)

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  • 1 (2018-06-29 (金) 01:11:24)
  • 2 (2018-06-29 (金) 01:20:16)
  • 3 (2018-07-02 (月) 03:20:09)
  • 4 (2018-09-05 (水) 03:05:37)
  • 5 (2019-01-10 (木) 04:29:40)
  • 6 (2019-02-12 (火) 09:30:32)
  • 7 (2019-11-26 (火) 10:59:19)
  • 8 (2022-03-31 (木) 15:34:05)

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#freeze
#author("2023-08-29T00:46:10+00:00","default:abebioinfo","abebioinfo")
[[Bioinformatics Laboratory]]

-Codon Usage Generator (CUG)
*Codon Usage Generator (CUG) [#i678b0aa]
本プログラムは，コドン組成を計算するためのソフトウェアです．
お手持ちのCDS塩基配列のFASTAファイルを入力すれば，各種（度数，百分率，千分率，相対コドン頻度（Relative codon frequency），相対同義語コドン頻度（Relative synonymous codon usage））を，
入力された全CDSと各CDSについて計算を行い，出力します．
お手持ちのCDS塩基配列のFASTAファイルを入力すれば，各種（度数，百分率，千分率，相対コドン頻度（Relative codon frequency），相対同義語コドン頻度（Relative synonymous codon usage）を，入力された全CDSと各CDSについて計算を行い，出力します．
コドン組成の計算は，単一ゲノムの遺伝子配列が格納されたマルチFASTAファイル，もしくは，複数ゲノムのFASTAファイルに対する一括処理も可能です．
出力結果は，CSV形式で保存可能です．

-ソフトウェアのダウンロード
プログラム（CUG[]）をクリックください．
利用については，READMEをご確認ください．
公開日：2018/06/29
Version: 1.0
**ソフトウェアのダウンロード [#p7329c55]
ご使用のOSで利用可能なプログラムを以下よりダウンロードください．
-[[Windows>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/CUG/CUGver2.4_Windows.zip]]
-[[Mac>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/CUG/CUGver2.4_macOS.zip]]
-[[Linux>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/CUG/CUGver2.4_Linux.zip]]

-動作環境
お使いのPCのOSに関係なく動作しますが、Javaで開発しておりますので、Java実行環境であるJRE(Java Runtime Environment)(≧Version 8)のインストールが必須となります。
利用方法については，READMEファイルをご確認ください．
公開日：2020/4/8
Version: 2.4

-参考文献
***更新情報 [#c7b8a834]
+Version 2.0 の出力結果において，「1st letter GCと3rd letter GCのカウント数と百分率が入れ替わっていた」バグがあったため，修正しました．（2019年1月10日）
+Version 2.1の出力結果表示画面において，表示不具合があったため，修正しました．（2019年2月12日）
+Version 2.2の出力結果において，【相対コドン頻度（Relative codon frequency）】と【相対同義語コドン頻度（Relative synonymous codon usage）】の計算結果に不具合があったため，修正しました．（2019年11月26日）
+Version 2.3の出力結果表示の不具合を修正しました．

**参考文献 [#jf817ad8]
+Kanaya S, Yamada Y, Kudo Y, Ikemura T (1999) Studies of codon usage and tRNA genes of 18 unicellular organisms and quantification of Bacillus subtilis tRNAs: gene expression level and species-specific diversity of codon usage based on multivariate analysis. Gene, 238, 143-155.
+Haruo Suzuki, Celeste J. Brown, Larry j. Forney, and Eva M (2008) Comparison of Correspondence Analysis Methods for Synonymous Codon Usage in Bacteria. DNA research, 15, 357-365.

[[クリエイティブ・コモンズ 表示 - 継承 4.0 国際 ライセンス>http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/]]の下に提供されています．
[[https://i.creativecommons.org/l/by-sa/4.0/88x31.png>http://creativecommons.org/licenses/by-sa/4.0/]]
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