発表論文 の履歴(No.115)

Bioinformatics Laboratory

プレプリント（bioRxiv / medRxiv：査読なし）†

  • Takashi Abe, Masanori Arita. Genomic Surveillance in Japan of AY.29—A New Sub-lineage of SARS-CoV-2 Delta Variant with C5239T and T5514C Mutations. medRxiv (2021/09/22) paper
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原著論文 (英語・日本語：査読あり)†

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2023†

  • So Nakagawa, Toshiaki Katayama, Lihua Jin, Jiaqi Wu, Kirill Kryukov, Rise Oyachi, Junko S Takeuchi, Takatomo Fujisawa, Satomi Asano, Momoka Komatsu, Jun-ichi Onami, Takashi Abe, Masanori Arita. SARS-CoV-2 HaploGraph: visualization of SARS-CoV-2 haplotypes spread in Japan. Genes & Genetic Systems, accepted.preprintwebsite
  • Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura. Oligonucleotide usage in coronavirus genomes mimics that in exon regions in host genomes. Virology Journal volume 20, Article number: 39, 2023. paper
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2022†

  • Masaki Okunaga, Kenta Kushiro, Ryohei Horie, Akihiro Kondo, Takashi Abe. Identification of microbes coexisting with Legionella spp. in bathwaters. npj Clean Water, 5, Article number: 65, 2022. paper
  • Toshimichi Ikemura, Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe. AI-based search for convergently expanding, advantageous mutations in SARS-CoV-2 by focusing on oligonucleotide frequencies. PLoS ONE 17(8): e0273860, 2022. paper
  • Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe. Comparative genomic analysis of the human genome and six bat genomes using unsupervised machine learning: Mb‑level CpG and TFBS islands. BMC Genomics, 23:497, 2022. paper
  • Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Toshimichi Ikemura. Unsupervised explainable AI for molecular evolutionary study of forty thousand SARS-CoV-2 genomes. BMC microbiology 22(1) 73-73, 2022. paper
  • Wint Wint Phyu, Reiko Saito, Keita Wagatsuma, Takashi Abe, Htay Htay Tin, Eh Htoo Pe, Su Mon Kyaw Win, Nay Chi Win, Lasham Di Ja, Sekizuka Tsuyoshi, Kuroda Makoto, Yadanar Kyaw, Irina Chon, Shinji Watanabe, Hideki Hasegawa and Hisami Watanabe. Epidemiology and Genetic Analysis of SARS-CoV-2 in Myanmar during the Community Outbreaks in 2020. Viruses 2022, 14, 259. paper
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2021†

  • Keita Wagatsuma, Ryosuke Sato, Satoru Yamazaki, Masako Iwaya, Yoshiki Takahashi, Akiko Nojima, Mitsuru Oseki, Takashi Abe, Tsutomu Tamura, Tsuyoshi Sekizuka, Makoto Kuroda, Haruki H Matsumoto, Reiko Saito. Genomic epidemiology reveals multiple introductions of SARS-CoV-2 in Niigata City, Japan, between February and May 2020. Frontiers in Microbiology, 12:749149, 2021. paper
  • Takashi Abe, Ryuki Furukawa, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura. Time-Series Trend of Pandemic SARS-CoV-2 Variants Visualized Using Batch-Learning Self-Organizing Map for Oligonucleotide Compositions. Data Science Journal, 20: 29, 1–12, 2021. paper
  • Toshimichi Ikemura, Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe. AI for the collective analysis of a massive number of genome sequences: various examples from the small genome of pandemic SARS-CoV-2 to the human genome. Genes & Genetic Systems, 96(4), 165-176, 2021. paper
  • Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura. Human cell-dependent, directional, time-dependent changes in the mono- and oligonucleotide compositions of SARS-CoV-2 genomes. BMC Microbiology, 21, 89, 2021. paper. (bioRxiv (2021/01/06).paper)
  • Hayato Harima, Yasuko Orba, Shiho Torii, Yongjin Qiu, Masahiro Kajihara, Yoshiki Eto, Naoya Matsuta, Bernard M. Hang’ombe, Yuki Eshita, Kentaro Uemura, Keita Matsuno, Michihito Sasaki, Kentaro Yoshii, Ryo Nakao, William W. Hall, Ayato Takada, Takashi Abe, Michael T. Wolfinger, Martin Simuunza and Hirofumi Sawa. An African tick flavivirus forming an independent clade exhibits unique exoribonuclease-resistant RNA structures in the genomic 3′-untranslated region. Scientific Reports volume 11, Article number: 4883, 2021 paper.
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2020†

  • Takashi Abe, Yu Akazawa, Atsushi Toyoda, Hironori Niki, Tomoya Baba. Batch-Learning Self-Organizing Map identifies horizontal gene transfer candidates and their origins in entire genomes. Frontiers in Microbiology, 11: 1486, 2020. paper
  • Trieu-Duc Vu, Yuki Iwasaki, Shuji Shigenobu, Akiko Maruko, Kenshiro Oshima, Erica Iioka, Chao-Li Huang, Takashi Abe, Satoshi Tamaki, Yi-Wen Lin, ChihKuan Chen, Mei-Yeh Lu, Masaru Hojo, Hao-Ven Wang, Shun-Fen Tzeng, Hao-Jen Huang, Akio Kanai, Takashi Gojobori, Tzen-Yuh Chiang, H. Sunny Sun, Wen-Hsiung Li, and Norihiro Okada. Behavioral and brain-transcriptomic synchronization between the two opponents of a fighting pair of the fish Betta splendens. PLOS Genetics, 16(6): e1008831, 2020.paper
  • Takashi Abe, Ryo Ikarashi, Masaya Mizoguchi, Masashi Otake, Toshimichi Ikemura. A strategy for predicting gene functions from genome and metagenome sequences on the basis of oligopeptide frequency distance. Genes & Genetic Systems, 95, 11-19, 2020.
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2019†

  • Yongjin Qiu, Takashi Abe, Ryo Nakao, Kenro Satoh, Chihiro Sugimoto. Viral population analysis of the taiga tick, Ixodes persulcatus, by using Batch Learning Self-Organizing Maps and BLAST search. Journal of Veterinary Medical Science, 81(3), 401-410, 2019. paper
  • Khin Thu Zar Htwe , Clyde Dapat, Yugo Shobugawa, Takashi Odagiri, Akinobu Hibino, Hiroki Kondo, Ren Yagami, Takehiko Saito, Nobuhiro Takemae, Tsutomu Tamura, Hisami Watanabe, Yadanar Kyaw, Nay Lin, Yi Yi Myint, Htay Htay Tin, Win Thein, Latt Latt Kyaw, Pan Ei Soe, Makoto Naito, Hassan Zaraket, Hiroshi Suzuki, Takashi Abe and Reiko Saito. Phylogeographic analysis of human influenza A and B viruses in Myanmar, 2010?2015. PLoS ONE 14(1): e0210550. paper
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2018†

  • Takafumi Ueda, Hiroshi Tarui, Nobuhide Kido, Keitaro Imaizumi, Kenji Hikosaka, Takashi Abe, Daisuke Minegishi, Yoshifumi Tada, Masataka Nakagawa, Sohei Tanaka, Tomoko Omiya, Kouki Morikaku, Minori Kawahara, Takane Kikuchi-Ueda, Teruo Akuta, and Yasuo Ono, The complete mitochondrial genome of Sarcoptes scabiei var. nyctereutis from the Japanese raccoon dog: Prediction and detection of two transfer RNAs (tRNA-A and tRNA-Y). Genomics, Sep 15. pii: S0888-7543(18)30414-2. doi: 10.1016/j.ygeno.2018.09.002, 2018. paper
  • Tomoko Miyauchi, Atsushi Kouzuma, Takashi Abe, and Kazuya Watanabe. Complete Genome Sequence of Acidithiobacillus ferridurans JCM 18981. Microbiology Resource Announcements, 7, e01028018, 2018. paper
  • Shiho Torii, Yasuko Orba, Bernard M. Hang’ombe, Aaron S. Mweene, Yuji Wada, Paulina D. Anindita, Wallaya Phongphaew, Yongjin Qiu, Masahiro Kajihara, Akina Mori-Kajihara, Yoshiki Eto, Hayato Harima, Michihito Sasaki, Michael Carr, William W. Hall, Yuki Eshita, Takashi Abe, and Hirofumi Sawa. Discovery of a novel alphavirus in Culex mosquitoes in Zambia. Virus Reserach, 250, 31-36, 2018.paper
  • Nanako Amano, Ayaka Yamamuro, Morio Miyahara, Atsushi Kouzuma, Takashi Abe, and Kazuya Watanabe. Methylomusa anaerophila gen. nov., sp. nov., an anaerobic methanol-utilizing bacterium isolated from a microbial fuel cell. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology doi: 10.1099/ijsem.0.002635, 2018.paper
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2017†

  • Daniel J. Shea, Motoki Shimizu, Namiko Nishida, Eigo Fukai, Takashi Abe, Ryo Fujimoto and Keiichi Okazaki. IntroMap: a signal analysis based method for the detection of genomic introgressions. BMC Genetics, 18:101, 2017.
  • Atsushi Kouzuma, Maho Tsutsumi, Shun’ichi Ishii, Yoshiyuki Ueno, Takashi Abe and Kazuya Watanabe. Non-autotrophic methanogens dominate in anaerobic digesters. Scientific Reports, 7, Article number: 1510, 2017. paper
  • Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada and Toshimichi Ikemura. An artificial intelligence approach fit for tRNA gene studies in the era of big sequence data. Genes & Genetic Systems, 92(1), 43-54, 2017. paper
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2016†

  • Kazuki Fujinawa, Yusuke Asai, Morio Miyahara, Atsushi Kouzuma, Takashi Abe and Kazuya Watanabe. Genomic features of uncultured methylotrophs in activated-sludge microbiomes grown under different enrichment procedures. Scientific Reports, 6, Article number: 26650, 2016. paper
  • Ryo Nakao*, Takashi Abe*, Shunsuke Funayama, and Chihiro Sugimoto (*equal contribution). Horizontally Transferred Genetic Elements in the Tsetse Fly Genome: An Alignment-Free Clustering Approach Using Batch Learning Self-Organising Map (BLSOM). BioMed Research International, Volume 2016, Article ID 3164624, 2016.
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2015†

  • Akihito Kikuchi, Toshimichi Ikemura, and Takashi Abe. Development of Self-Compressing BLSOM for Comprehensive Analysis of Big Sequence Data. BioMed Research International, Volume 2015, Article ID 506052, 2015. paper
  • Shizuka Eshima, Satoru Yokoyama, Takashi Abe, Yoshihiro Hayakawa, and Ikuo Saiki. Multi-pathway cellular analysis on crude natural medicines from Japanese Kampo prescriptions. PLoS One, PLoS One, 10(6), e0128872, 2015. doi:10.1371/journal.pone.0128872
  • Yoshiko Wada, Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Ikuo Tooyama, and Toshimichi Ikemura. CG-containing oligonucleotides and transcription factor binding motifs evidently enriched in human pericentric regions. Genes & Genetic Systems, 90(1), 43-53, 2015.
  • Sho Ninomiya†, Mitsuoki Kawano†, Takashi Abe†, Tatsuya Ishikawa†, Masayuki Takahashi, Masato Tamura, Yoshiaki Takahashi, and Masayuki Nashimoto. Potential Small Guide RNAs for tRNase ZL from Human Plasma, Peripheral Blood Mononuclear Cells, and Cultured Cell Lines (†equal contribution). PLoS One, 10(3), e0118631, 2015.paper
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2014†

  • Ayaka Yamamuro, Atsushi Kouzuma, Takashi Abe, Kazuya Watanabe. Metagenomic analyses reveal the involvement of syntrophic consortia in methanol/electricity conversion in microbial fuel cells. PLoS ONE, PLoS ONE 9(5): e98425. doi:10.1371/journal.pone.0098425. paper
  • Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Norihiro Okada, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Toshimichi Ikemura. Evolutionary Changes in Vertebrate Genome Signatures with Special Focus on Coelacanth. DNA Research, 21, 459-467, 2014. paper
  • Takashi Abe, Hachiro Inokuchi, Yuko Yamada, Akira Muto, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura. tRNADB-CE: tRNA gene database well-timed in the era of big sequence data. Frontiers in GENETICS, 5, 114. doi: 10.3389/fgene.2014.00114, 2014. paper
  • Takashi Abe, Yuta Hamao, Toshimichi Ikemura. Visualization of genome signatures of eukaryote genomes by Batch-Learning Self-Organizing Map (BLSOM) with a special emphasis on Drosophila genomes. BioMed Research International, Volume 2014, Article ID 985706 paper.
  • 安納住子, 大島一彦, 阿部貴志, 田殿武雄, 山本彩, 五十嵐保. 遺伝子工学・リモートセンシング・地理情報システムの技術を応用したヒトの環境適応能における遺伝－環境の相互作用解明への新研究法. 日本生理人類学会誌, 19(1), 13-18, 2014．
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2013†

  • Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, and Toshimichi Ikemura. A Novel Bioinformatics Strategy to Analyze Microbial Big Sequence Data for Efficient Knowledge Discovery: Batch-Learning Self-Organizing Map (BLSOM). Microorganisms. 2013; 1(1):137-157.paper
  • Sumiko Anno, Kazuhiko Ohshima, Takashi Abe, Takeo Tadono, Aya Yamamoto and Tamotsu Igarashi. Approaches to Detecting Gene-Environment Interactions in Human Variation Using Genetic Engineering, Remote Sensing and GIS. Journal of Earth Science and Engineering, in press.
  • Atsushi Kouzuma, Takuya Kasai, Gen Nakagawa, Ayaka Yamamoto, Takashi Abe and Kazuya Watanabe. Comparative metagenomics of anode- associated microbiomes developed in rice paddy-field microbial fuel cells. PLoS One, 8(11): e77443. doi:10.1371/journal.pone.0077443.paper
  • Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Yoshiko Wada, Kennosuke Wada and Toshimichi Ikemura. Nobel bioinformatics strategies for prediction of directional sequence changes in influenza virus genomes and for surveillance of potentially hazardous strains. BMC Infectious Diseases, 13:386, doi:10.1186/1471-2334-13-386, 2013.paper
  • Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe and Toshimichi Ikemura. Notable clustering of transcription-factor-binding motifs in human pericentric regions and its biological significance. Chromosome Research, 21, 461-474, 2013. paper.
  • Kyoko Hayashida, Takashi Abe, William Weir, Ryo Nakao, Kimihito Ito, Kiichi Kajino, Yutaka Suzuki, Frans Jongejan, Dirk Geysen, and Chihiro Sugimoto. Whole-genome sequencing of Theileria parva strains provides insight into parasite migration and diversification in the African continent. DNA Research, 20, 209-220, 2013. paper
  • Shun Ikeda*, Takashi Abe*, Yukiko Nakamura, Kibinge Nelson, Aki Hirai Morita, Atsushi Nakatani, Naoaki Ono, Toshimichi Ikemura, Kensuke Nakamura, Md. Altaf-Ul-Amin, Shigehiko Kanaya (*equal contribution). Systematization of diversity of protein sequences in enzymes related to secondary metabolic pathways in plants in the context of big data biology inspired by KNApSAcK Motorcycle database. Plant and Cell Physiology, 54, 711-727, 2013.
  • Ryo Nakao*, Takashi Abe*, Ard M. Nijhof, Seigo Yamamoto, Frans Jongejan, Toshimichi Ikemura, Chihiro Sugimoto (*equal contribution). A novel approach, based on BLSOMs (Batch Learning Self-Organizing Maps), to the microbiome analysis of ticks. ISME Journal, 7, 1003-1015, 2013.
  • Hiroaki Sakai, Sung Shin Lee, Tsuyoshi Tanaka, Hisataka Numa, Jungsok Kim, Yoshihiro Kawahara, Hironobu Wakimoto, Ching-chia Yang, Masao, Iwamoto, Takashi Abe, Yuko Yamada, Akira Muto, Hachiro Inokuchi, Toshimichi Ikemura, Takashi Matsumoto, Takuji Sasaki, Takeshi Itoh. Rice Annotation Project Database (RAP-DB): An integrative and interactive database for rice genomics. Plant and Cell Physiology, 54(2), e6(1-11), 2013.
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2012†

  • Kyoko Hayashida*, Yuichiro Hara*, Takashi Abe*, Chisato Yamasaki, Atsushi Toyoda, Takehide Kosuge, Yutaka Suzuki, Yoshiharu Sato, Shuichi Kawashima, Toshiaki Katayama, Hiroyuki Wakaguri, Noboru Inoue, Keiichi Homma, Masahito Tada-Umezaki, Yukio Yagi, Yasuyuki Fujii, Takuya Habara, Minoru Kanehisa, Hidemi Watanabe, Kimihito Ito, Takashi Gojobori, Hideaki Sugawara, Tadashi Imanishi, William Weir, Malcolm Gardner, Arnab Pain, Brian Shiels, Masahira Hattori, Vishvanath Nene, and Chihiro Sugimoto (*equal contribution). Comparative genome analysis of three eukaryotic parasites with differing abilities of leukocyte transformation reveals key mediators of Theileria-induced leukocyte-transformation. mBio, 3(5), e00204-12, 2012.
  • Ryosuke Nakai, Takashi Abe, Tomoya Baba, Satoshi Imura, Hiroshi Kagoshima, Hiroshi Kanda, Yuji Kohara, Akiko Koi, Hironori Niki, Katsuhiko Yanagihara and Takeshi Naganuma. Diverse RuBisCO genes responsible for CO2 fixation in an Antarctic moss pillar. Polar Biology, 35, 1641-1650, 2012.
  • Ryosuke Nakai, Takashi Abe, Tomoya Baba, Satoshi Imura, Hiroshi Kagoshima, Hiroshi Kanda, Yuji Kohara, Akiko Koi, Hironori Niki, Katsuhiko Yanagihara and Takeshi Naganuma. Eukaryotic phylotypes in aquatic moss pillars inhabiting a freshwater lake in East Antarctica, based on 18S rRNA gene analysis. Polar Biology, 35, 1495-1504, 2012.
  • Ryosuke Nakai, Takashi Abe, Tomoya Baba, Satoshi Imura, Hiroshi Kagoshima, Hiroshi Kanda, Atsuko Kanekiyo, Yuji Kohara, Akiko Koi, Keiko Nakamura, Takanori Narita, Hironori Niki, Katsuhiko Yanagihara and Takeshi Naganuma. Microflorae of aquatic moss pillars in a freshwater lake, East Antarctica, based on fatty acid and 16S rRNA gene analyses. Polar Biology. 35, 425-433, 2012.
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2011†

  • 安納住子, 大島一彦, 阿部貴志, SNP解析によって明らかにされたハプロタイプ構造に基づくヒト皮膚色候補遺伝子の自然選択検出の可能性. 日本生理人類学会誌, 16, 99-102, 2011.
  • Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Masae Itoh, Toshimichi Ikemura, and Takashi Abe, A Novel Bioinformatics Strategy to Predict Direcitional Changes of Influenza A Virus Genome Sequences. J. Laaksonen and T. Honkela (Eds.): WSOM 2011, LNCS 6731, 198-206, 2011.
  • Yuki Iwasaki†, Takashi Abe†, Kennosuke Wada, Masae Itoh, and Toshimichi Ikemura (†equal contribution), Prediction of directional changes of influenza A virus genome sequences with emphasis on pandemic H1N1/09 as a model case. DNA Research, 18, 125-136, 2011.
  • Hiroshi Uehara, Yuki Iwasaki, Chieko Wada, Toshimichi Ikemura and Takashi Abe, A novel bioinformatics strategy for searching industrially useful genome resources from metagenomic sequence libraries. Genes & Genetic Systems, 86, 53-66, 2011.
  • Ryosuke Nakai, Takashi Abe, Haruko Takeyama and Takeshi Naganuma. Metagenomic analysis of 0.2-μm-passable microorganisms in deep-sea hydrothermal fluid. Marine Biotechnology, 13(5), 900-908, 2011.
  • Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Junichi Sugahara, Akio Kanai, Yasuo Ohara, Hiroshi Uehara, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Yuko Yamada, Akira Muto and Hachiro Inokuchi. tRNADB-CE 2011: tRNA gene database curated manually by experts. Nucleic Acids Research, 39, D210-D213, 2011.
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2010†

  • Sumiko Anno, Kazuhiko Ohshima, Takashi Abe, "Approaches to understanding adaptations of skin color variation by detecting gene-environment interactions", Expert Review of Molecular Diagnosis, 10, 987-991, 2010.
  • Akihiro Shitara, Yuri Nishikawa, Masato Yoshimi, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura and Hideharu Amano. Preliminary Evaluation of Batch-Learning Self-Organizing Map Algorithm on a Graphic Processor. Proceedings of Parallel and Distributed Computing and Networks, 676-089, 2010.
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2009†

  • Takashi Abe, Kennosuke Wada, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, "Novel bioinformatics for inter- and intraspecies comparison of genome signatures in plant genomes", Plant Biotechnology, 26, 469-477, 2009.
  • Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Hiroshi Uehara, Toshimichi Ikemura, "A novel bioinformatics strategy for function prediction of poorly-characterized protein genes obtained from metagenome analyses", DNA Research, 16, 287-298, 2009.
  • Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Yasuo Ohara, Hiroshi Uehara, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Yuko Yamada, Akira Muto and Hachiro Inokuchi,
    "tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts",
    Nucleic Acids Research, 37, D163-D168, 2009, doi:10.1093/nar/gkn692.
  • Yoshihisa Watanabe, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura and Masato Maekawa, "Relationships between replication timing and GC content of cancer-related genes on human chromosomes 11q and 21q", Gene, 433, 26-31, 2009.
  • Takashi Abe Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura, "Batch-Learning Self-Organizing Map for Predicting Functions of Poorly-Characterized Proteins Massively Accumulated.", J.C. Príncipe and R. Miikkulainen (Eds.): WSOM 2009, LNCS 5629, pp. 1–9, 2009.
  • Takashi Abe, Yuta Hamano, Shigehiko Kanaya, Kennosuke Wada, and Toshimichi Ikemura, "A Large-Scale Genomics Studies Conducted with Batch-Learning SOM Utilizing High-Performance Supercomputers.",J. Cabestany et al. (Eds.): IWANN 2009, Part I, LNCS 5517, pp. 829–836, 2009.
  • Kazumasa Yasui, Mototsugu Tabata, Satoki Yamada, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Ro Osawa, and Tohru Suzuki, "Intra-Species Diversity between Seven Bifidobacterium adolescentis Strains Identified by Genome-Wide Tiling Array Analysis", Biosci. Biotechnol. Biochem., 73, 1422-1424, 2009.
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2008†

  • Tomoyuki Kosaka, Souichiro Kato, Takefumi Shimoyama, Shunichi Ishii, Takashi Abe, and Kazuya Watanabe, "The genome of Pelotomaculum
    thermopropionicum reveals niche-associated evolution in anaerobic microbiota", Genome Res., 18(3), 442-448, 2008.
  • Sumiko Anno, Takashi Abe, Takushi Yamamoto, "Interactions between SNP Alleles at Multiple Loci Contribute to Skin Color Differences between Caucasoid and Mongoloid Subjects", International Journal of Biological Sciences, 4, 81-86, 2008.
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2007†

  • Takashi Abe, Shun Ikeda, Shigehiko Kanaya, Kennosuke Wada, and Toshimichi Ikemura, "Characterization of Genetic Signal Sequences with Batch-Learning SOM", Proceedings of Workshop 2007 on Self-Organizing Maps, 2007 paper.
  • Sumiko Anno, Takashi Abe, Koichi Sairyo, Susumu Kudo, Takuji Yamamoto，Koretsugu Ogata and Vijay K. Goel “Interactions between SNP Alleles at Multiple Loci Contribute to Variation in Skin Pigmentation in 122 Caucasians.”,Evolutionary bioinformatics, 3, 169-178, 2007.
  • 安納住子、阿部貴志、西良浩一、工藤奨、山本卓志、緒方是嗣、Vijay K. Goel, “多遺伝子座におけるSNP対立遺伝子の相互作用が及ぼすヒトの皮膚色の多様性について”, 日本生理人類学会誌、12, 1-7, 2007.
  • Masaki Hirahata, Takashi Abe, Naoto Tanaka, Yoshikazu Kuwana, Yasumasa Shigemoto, Satoru Miyazaki, Yoshiyuki Suzuki, Hideaki Sugawara. “Genome Information Broker for Viruses (GIB-V): Database for comparative analysis of virus genomes.”, Nucleic Acids Research, 35, D339-D342, 2007.
  • Hideaki Sugawara, Takashi Abe, Takashi Gojobori. and Yoshio Tateno. “DDBJ Working on Evaluation and Classification of Bacterial Genes in INSDC.”, Nucleic Acids Research, 35, D13–D15, 2007.
     
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2006†

  • Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Toshimichi Ikemura, Self-Organizing Map (SOM) unveils and visualizes hidden sequence characteristics of a wide range of eukaryote genomes, Gene, 365, 27-34 2006.
  • Riley, M., Abe, T., Arnaud, B.M., Berlyn, M., Blattner, R.F., Chaudhuri, R.R., Glasner, D.J., Horiuchi, T., Keseler, M.I., Kosuge, T., Mori, H., Perna, T.N., Plunkett, G., Rudd, E.K., Serres, H.M., Thomas, H.G., Thomson, R.H., Wishart, D., and Wanner, L.B. Escherichia coli K-12: a cooperatively developed annotation snapshot—2005, Nucleic Acids Research, 34, 1-9. 2006.
  • Hisato Kobayashi, Chikako Suda, Takashi Abe, Yuji Kohara, Toshimichi Ikemura, and Hiroyuki Sasaki. Bisulfite sequencing and dinucleotide content analysis of 15 imprinted mouse differentially methylated regions (DMRs): paternally methylated DMRs contain less CpGs than maternally methylated DMRs. Cytogenet. Genome Res., 113 (Special Issue on Genomic Imprinting), 130-137 2006.
  • Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Shigehiko Kanaya and Toshimichi Ikemura. “Sequences from almost all prokaryotic, eukaryotic, and viral genomes available could be classified according to genomes on a large-scale Self-Organizing Map constructed with the Earth Simulator”, Journal of the earth simulator, 6, 17-23, 2006.
  • Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Shigehiko Kanaya and Toshimichi Ikemura. “A novel bioinformatics tool for phylogenetic classification of genomic sequence fragments derived from mixed genomes of uncultured environmental microbes”, Polar Bioscience, 20, 103-112, 2006.
  • Naoto Tanaka, Takashi Abe, Satoru Miyazaki and Hideaki Sugawara, “A useful bioinformatics suite for retrieving and analyzing microbial genome data (G-InforBIO)”, Journal of Computer Aided Chemistry, 7, 87-93 2006.
  • Naoto Tanaka, Takashi Abe, Satoru Miyazaki and Hideaki Sugawara, “G-InforBIO: Integrated system for microbial genomics”, BMC Bioinformatics, 7, 368, 2006.
  • Takehide Kosuge, Takashi Abe, Toshihisa Okido, Naoto Tanaka Masaki Hirahata Yutaka Maruyama Aki Tomiki, Motoyoshi Kurokawa, Ryutaro Himeno, Satoshi Fukuchi, Satoru Miyazaki, Takashi Gojobori, Yoshio Tateno, and Hideaki Sugawara, “Exploration and grading of possible genes in 183 bacterial strains by a common fine protocol lead to new genes: Gene Trek in Prokaryote Space (GTPS).” DNA Research, 13: 245-254 2006.
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2005†

  • Taku Uchiyama, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Kazuya Watanabe,
    “Substrate-induced gene-expression screening of environmental metagenome libraries for isolation of catabolic genes”, Nature Biotechnology, 1, 88-93. 2005.
  • Hidenori Hayashi, Takashi Abe, Mitsuo Sakamoto, Hiroki Ohara, Toshimichi Ikemura, Kazuo Sakka, and Yoshimi Benno, “Direct cloning of genes encoding novel xylanases from human gut”, Canadian Journal of Microbiology, 51, 251-259. 2005.
  • Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Yasaburo Matsuura, Heizo Tokutaka and Toshimichi Ikemura, “A large-scale Self-Organizing Map (SOM) constructed with the Earth Simulator unveils sequence characteristics of a wide range of eukaryotic genomes”, Proceedings of Workshop 2005 on Self-Organizing Maps, pp. 187-194. 2005 paper.
  • Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, and Hideaki Sugawara, “A novel bioinformatics strategy for phylogenetic study of genomic sequence fragments: self-organizing map (SOM) of oligonucleotide frequencies”, Proceedings of Workshop 2005 on Self-Organizing Maps, pp. 669-676. 2005 paper.
  • Hideaki Sugawara, Satoru Miyazaki, Takashi Abe, Yasumasa Shigemoto, “Biological Data Analysis using DDBJ Web services”, Proceedings of BIOINFO2005, 379-382. 2005.
  • Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura, “Novel Phylogenetic Studies of Genomic Sequence Fragments Derived from Uncultured Microbe Mixtures in Environmental and Clinical Samples”, DNA research, 12, 281-290. 2005.
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2004†

  • Johannes Vastermark, Yasumasa Shigemoto, Takashi Abe, Hideaki Sugawara,
    “Splicing Profile Based Protein Categorization between Human and Mouse Genomes by use of the DDBJ Web Services”, Genome Informatics Series, Vol. 15, 13-20. 2004.
  • Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Hideaki Sugawara, “Novel genome informatics for unveiling hidden signatures in genome sequences: self-organizing map (SOM) of oligonucleotide frequencies”, Proceedings of Information-Based Induction Sciences, 94-99. 2004.
  • Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Yoko Kosaka, Toshimichi Ikemura, “Novel bioinformatics for unveiling hidden characteristics in genome sequences and searching in silico for genetic signal sequences”, The 8th World Multi-Conference on Systemics, Cybernetics and Informatics, 105-112. 2004.
  • Hirokazu Nishio, Md Altaf-Ul-Amin, Yukiko Nakamura, Takashi Abe, Makoto Kinouchi, Toshimichi Ikemura, Kazuo Kobayashi, Naotake Ogasawara, and Shigehiko Kanaya.“Gene Classification Based on Expression Profile Using BL-SOM: Suitability Assessment of Multivariate Gene Expression Data to Spherical and Plain SOM by N-Measure”, The 8th World Multi-Conference on Systemics, Cybernetics and Informatics, 189-192. 2004.
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2003†

  • Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Yuta Ichiba, Tokio Kozuki, and Toshimichi Ikemura, “Informatics for unveiling hidden genome signatures”, Genome Research, 13, 693-702, 2003.
  • Megumi Kato, Yoshiaki Onishi, Yuko Wada-Kiyama, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Simon Kogan, Alex Bolshoy, Edward N. Trifonov, and Ryoiti Kiyama, “Dinucleosome DNA of human K562 cells: experimental and computational characterizations”, Journal of Molecular Biology, 332, 111–125, 2003.
  • Takashi Abe, Tokio Kozuki, Yoko Kosaka, Atsushi Fukushima, Satoshi Nakagawa, and Toshimichi Ikemura, “Self-organizing map reveals sequence characteristics of 90 prokaryotic and eukaryotic genomes on a single map”, Workshop 2003 on Self-Organizing Maps, 95-100, 2003.
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2002†

  • Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Yuta Ichiba, Tokio Kozuki, and Toshimichi Ikemura, “A novel bioinformatic strategy for unveiling hidden genome signatures of eukaryotes: self-organizing map of oligonucleotide frequency”, Genome Informatics, 13, 12-20, 2002.
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2001†

  • Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Takashi Abe, Yoshihiro Kudo, Yuko Yamada, Tatsuya Nishi, Hirotada Mori, and Toshimichi Ikemura, “Analysis of codon usage diversity of bacterial genes with a self-organizing map: characterization of horizontally transferred genes with emphasis on E. coli O157 genome”, Gene, 276, 89-99, 2001.
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総説・著書（英語・日本語）†

  • 金谷重彦, 阿部貴志, 木ノ内誠, 池村淑道　：　ゲノム配列に潜む特徴的なサイン(Genome Signature)から見た生物多様性. ゲノムからみた生物の多様性と進化 (五條堀孝編集), シュプリンガーフェアラーク東京 2003.
  • 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道　：　コドン使用頻度と生産量との関連. 生物工学ハンドブック, 131-132 (2005).
  • 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道　：　自己組織化マップ(SOM): 比較ゲノムと生物多様性研究への新規な情報学的手法. ゲノミクス・プロテオミクスの新展開 (今中　忠行監修), ネヌ・ティー・エス, 890-896 (2004)
  • 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道　：　ゲノムDNA配列に潜んでいる生物種の個性を明らかにする新規な統計数理的手法. 統計数理, 52, 207-215, 2004.
  • 菅原秀明, 阿部貴志, 田中尚人, 宮崎智,
  • “微生物学とデータ科学の接近 –ポストゲノムシークエンシングといわれるフェーズを迎えて.” 土と微生物, Vol. 58, 57-67 (2004).
  • 阿部貴志, “マルチプルアラインメントと進化系統解析”, DDBJの利用法, 共立出版、107-127 (2005).
  • 阿部貴志、重元康昌、宮崎智、菅原秀明、“Webサービスによるバイオ情報資源の統合化の可能性”, 第1回バイオ情報学研究会、21-28 (2005).
  • Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Shigehiko Kanaya, Yoko Kosaka, Toshimichi Ikemura, “Characterization of transcriptional regulatory signals with novel bioinformatics tools”, DNA structure, Chromatin and Gene Expression (Ed, Ryoiti Kiyama and Mitsuhiro Shimizu), Transworld Research Network, 1-16, 2006.
  • 中村由紀子，真保陽子，矢野美弦，モハマド・アルタフル・アミン，黒川顕，阿部貴志，木ノ内誠，斉藤和季，池村淑道，金谷重彦, “3.2章 自己組織化のバイオインフォマティクスへの応用－メタボロームおよびトランスクリプトデータの統合解析に向けて”, DNAチップ活用テクノロジーと応用 (久原哲　監修), シーエムシー出版, 2006.
  • 安納住子、阿部貴志、西良浩一、工藤奨、山本卓志、緒方是嗣、Vijay K. Goel, “多遺伝子座におけるSNP対立遺伝子の相互作用が及ぼすヒトの皮膚色の多様性について(1)”, 日本生理人類学会誌, 11特別号(1), 30-31, 2006.
  • 阿部貴志、菅原秀明、金谷重彦、前野聖、池村淑道、”ヒト・チンパンジーを含む近縁名脊椎動物を対象にしたゲノム間比較の新規な情報学的研究”、遺伝、(別冊) 21, 187-193, 2007.
  • Hideaki Sugawara, Takashi Abe, Satoru Miyazaki. (2004). Tsunami of data: Data resources and utilization. Microbial Genetic Resources and Biodiscovery. Kurtboke, I. and Swings, J. ed., (National Library of Australia), 40-56.
  • 阿部貴志, 池村淑道, 木ノ内誠, 中村由紀子, 前野聖, 金谷重彦, “自己組織化マップ法・その発展－－医学・生物学からバイオ産業への応用まで” 自己組織化マップ法・その発展－－生物学から社会学まで　（徳高平蔵　監修), シュプリンガージャパン出版, 87-98, 2007.
  • 松浦弥三郎, 阿部貴志, 池村淑道, 徳高平蔵, 大北正昭“球面SOMによるゲノム解析” 自己組織化マップ法・その発展－－生物学から社会学まで　（徳高平蔵　監修), シュプリンガージャパン出版, 99-103, 2007.
  • 池村 淑道; “ライフサイエンス分野のデータベース　：　学部学生とシニア世代の共同作業としての知識発見の可能性も含めて”, 日本化学会情報化学部会誌, Vol. 26, 1-4 (2008).
  • 井口 八郎, 小原 康雄, 武藤 あきら, 山田 優子, 木ノ内 誠, 前野 聖, 金谷 重彦, 池村 淑道, 阿部 貴志; “エキスパートがキュレートしたtRNAデータベース”, 日本化学会情報化学部会誌, Vol. 26, 11-16 (2008).
  • 上原 啓史, 棚橋 佳世, 阿部 貴志, 池村 淑道; “持続可能型社会への貢献遺伝子データベース”, 日本化学会情報化学部会誌, Vol. 26, 17-19 (2008).
  • 阿部 貴志, 金谷 重彦, 池村 淑道; “ゲノム配列情報からの効率的な知識発見のための情報学的手法の確立”, 日本化学会情報化学部会誌, Vol. 26, 20-22 (2008).
  • 阿部 貴志, 金谷 重彦, 池村 淑道; “データベースに蓄積の著しい機能未知のタンパク質類の機能推定のための自己組織化マップ法による新規情報学的手法の開発”, 日本化学会情報化学部会誌, Vol. 26, 31-33 (2008).
  • 池村 淑道, 上原 啓史, 棚橋 佳世, 阿部 貴志; “公的データベースからの有用遺伝子の発掘：　持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの構築と世界最高水準スーパーコンピュータの利用”, 日本化学会情報化学部会誌, Vol. 26, 40-44 (2008).
  • 上原啓史，阿部貴志，池村 淑道，“遺伝分野の教育における高校と大学の連携の可能性”，生物の科学 遺伝Vol.63 No.1(2009)，エヌ・ティー・エス，p92-96.
  • 阿部貴志，上原啓史，金谷重彦，池村淑道，"環境由来大量DNA配列を利用した難培養性生物群の系統推定のための新規情報学手法", マリンメタゲノムの有効利用(松永是，竹山春子 監修), シーエムシー出版，p228-239, (2009).
  • Sumiko Anno, Takashi Abe, "A Linkage Disequilibrium-based Statistical Approach to Discovering Interractions among SNP Alleles at Multiple Loci Contributing to Human Skin Pigmentation Variation", Computational Biology: New Research (Ed. Alona S. Russe), Nova Science Publishers, Inc. 2009.
  • 岩崎裕貴、池村淑道、伊藤正恵、阿部貴志、"オリゴヌクレオチド組成を用いた一括学習型自己組織化地図法によるA型インフルエンザウイルスの俯瞰的な特徴解明", 第18回バイオ情報学研究会、Vol.2009-BIO-18 No5, 1-6.
  • Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura. Sequences from prokaryotic, eukaryotic and viral genomes currently available clustered according to phylotype on a large-scale Self-Organizing Map. Knowledge-Based Bioinformatics (Ed. Gil Alterovits, Marco Ramoni), Wiley & Sons, Ltd, 233-249, 2010.
  • 岩崎裕貴, 和田健之介, 阿部貴志, 池村淑道. "インフルエンザウイルスゲノム配列の変化方向の予測", アドバンスシミュレーション, 12, 56-57, 2012.
  • 阿部貴志, 中尾亮, 杉本千尋. "メタゲノム解析による微生物群集構造の解明への一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）の活用", 生物工学会誌, 90(12), 765-768, 2012.
  • 岩崎裕貴, 阿部貴志, 和田健之介, 池村淑道. "新規情報学的手法を用いたインフルエンザウイルスのゲノム塩基配列の変化の方向性の予測", 生物工学会誌, 90(12), 769-772, 2012.
  • Takashi Abe, Hachiro Inokuchi, Yuko Yamada, Akira Muto, Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura. "tRNADB-CE and use of tRNAs as phylogenetic markers for metagenomic sequences", Encyclopedia of Metagenomics, Springer, in press
  • Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe. Novel bioinformatics method to analyze more than 10,000 influenza virus strains　easily at once: Batch-Learning Self Organizing Map (BLSOM). Advances in Viral Genomes Research (Eds: J. Borrelli and Y. Giannini), Nova Science Publishers, Inc. 95-112, 2013.
  • ベーシックマスター分子生物学 (東中川徹, 大山隆, 清水光弘共編), 担当：16章　ゲノミクス (池村淑道、阿部貴志), オーム社, 2013年10月.オーム社サイト>
  • 阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道. 一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）を用いた大量メタゲノム解析. 生命のビッグデータ利用の最前線（植田充美　監修）, 104-112, シーエムシー出版, 2014年4月.シーエムシー出版サイト>
  • バイオインフォマティクス入門（第3章 配列解析，分担執筆），日本バイオインフォマティクス学会編集，慶応義塾大学出版会，2015年08月.出版サイト>
  • Sumiko Anno, Kazuhiko Ohshima, and Takashi Abe. Understanding skin color variations as an adaptation by detecting gene-environment interactions. Gene-Environment Interaction Analysis - Methods in Bioinformatics and Computational Biology -, S.Anno (ed), Pan Stanford Publishing, 1-37, 2016.
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国際会議発表 (査読あり)†

  • Shigehiko KANAYA, Yoshijiro KUDO, Takashi ABE, Takanori OKAZAKI, Carlos D.C., and Toshimichi IKEMURA, “Gene classification by self-organization mapping of codon usage in bacteria with completely sequenced genome”, Genome Informatics, Vol. 9, pp. 369-371, December 1998.
  • Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Yoshihiro KUDO, Hirotada MORI, Hideo MATSUDA, Carlos D.C., and Toshimichi IKEMURA, “Gene classification method based on batch-learning SOM”, Genome Informatics, Vol. 10, pp. 314-315, December 1999.
  • Makoto KINOUCHI, Takashi ABE, and Yoshihiro KUDO, “Self-organizing mapping in codon usage diversity of bacterial genes”, Joint Symposium on Bio-Sensing and Bio-Imaging (Yamagata, Japan), pp. 243-246, August 2001.
  • Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Makoto KINOUCHI, Nanayo ISHIHARA, Yoko KOSAKA, Tokio KOZUKI, Akira OHYAMA, and Toshimichi IKEMURA, “Self-organizing maps reveal hidden genome characteristics on a single map analyzing 90 genomes of prokaryotes and eukaryotes”, Human Genome Meeting 2003 (Cancun, Mexico) April 2003.
  • Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, Atsushi FUKUSHIMA, Makoto KINOUCHI, Yoko KOSAKA, Tokio KOZUKI, and Toshimichi IKEMURA, “Inter- and intra- species characterizations of eukaryotic genome sequences and in silico prediction of genetic signal sequences”, The 5th International Workshop on Advanced Genomics (Yokohama, Japan) June 2003.
  • Takashi ABE, Satoshi NAKAGAWA, Tokio KOZUKI, Makoto KINOUCHI, Yoko KOSAKA, Shigehiko KANAYA, and Toshimichi IKEMURA, “Novel bioinformatics for phylogenetic classifications of genomic sequences from uncultured microorganisms in environmental, clinical samples”, the 6th International Marine Biotechnology Conference (Chiba, Japan) September 2003.
  • Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Tokio Kozuki, Satoshi Nakagawa, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya and Hideaki Sugawara., “A Novel Bioinformatics Approach for Genome Analyses of Environmental Samples on the basis of self-organizing map (SOM)”, 16th International Genome Sequencing & Analysis（Washington, DC）September 2004.
  • Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Kazunari Kawase, Kazuya Hashimoto, Tokio Kozuki, Satoshi Nakagawa, and Hideaki Sugawara., “A novel bioinformatics approach for analyzing microbial diversity on the basis of self-organizing map (SOM)”, The 10th International Congress of Culture Collections (Tsukuba, Japan) October. 2004.
  • Takehide Kosuge, Toshihisa Okido, Masaki Hirahata, Yasumasa Shigemoto, Satoru Miyazaki, Takashi Abe, Takashi Gojobori, Hideaki Sugawara, ” Development of a common protocol for the prediction of microbial genes”, Genome Informatics Workshop (Yokohama, Japan), Dec. 2004.
  • Hideaki Sugawara, Naoto Tanaka, Takashi Abe and Satoru Miyazaki, “e-Workbench (InforBIO) for Barcoding of Life”, The Consortium for the Barcoding of Life, (London), Feb. 2005.
  • Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Tokio Kozuki, Satoshi Nakagawa, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya and Hideaki Sugawara, “A Novel Bioinformatics Approach for Phylogenetics analyses of Environmental and Clinical Samples on the basis of self-organizing map (SOM)”, Human Genome Meeting 2005 (Kyoto, Japan), April 2005.
  • Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya　and Hideaki Sugawara, “A Novel Bioinformatics Approach for Microbial diversity of Environmental Samples on the basis of Self-Organizing Map (SOM)”, The 13th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, The International Society for Computational Biology, (Detroit, U.S.A), Jun. 2005.
  • Masaki Hirahata, Satoru Miyazaki, Takashi Abe, Yasumasa Shigemoto, Hideaki Sugawara, “Genome Information Broker for Viruses genome (GIB-V): Viruses genome database for comparative analysis”, The 13th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, The International Society for Computational Biology, (Detroit, U.S.A), Jun. 2005. (Poster)
  • Naoto Tanaka, Takashi Abe, Satoru Miyazaki, and Hideaki Sugawara, “G-InforBIO: Integrated system for comparative genome analysis”, The 13th Annual International conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, The International Society for Computational Biology, (Detroit, U.S.A), Jun. 2005. (Poster)
  • Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, and Hideaki Sugawara, “Novel Phylogenetic Studies of Environmental DNA Sequence Fragments Derived from Uncultured Microbe Mixtures.”, GSAC 2005, (Hilton Head, U.S.A), Sept. 2005. (Poster)
  • Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Toshimichi Ikemura, “A novel bioinformatics tool for phylogenetic analyses of mix genomes of uncultured microbes” XXVIIISymposium on Polar Biology (Tokyo), Dec. 2005. (Poster)
  • Yasaburo Matsuura, Toshimichi Ikemura, Takashi Abe, Heizo Tokutaka, Masaaki Ohkita, “Genome Analize by Using Spherical SOM”, The 16th International Conference on Genome Informatics (Yokohama, Japan), Dec., 2005. (Poster)
  • Takashi Abe, Hideaki Sugawara, and Toshimichi Ikemura: Phylogenetic classification of environmental and clinical samples without orthologous sequence sets and sequence alignment on the basis of Self-Organizing Map (SOM). 2006 Sokendai International Symposium (Hayama, Japan), Jan., 2006.
  • Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Takashi Abe, and Toshimichi Ikemura: Genome Sequence Characteristics Revealed with SOM (Self-Organizing Map) by Comparison with Random Sequences, 2006 Sokendai International Symposium (Hayama, Japan), Jan., 2006. (Poster)
  • Yasaburo Matsuura, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Heizo Tokutaka, Masaaki Ohkita: Genome sequence analysis with spherical SOM, 2006 Sokendai International Symposium (Hayama, Japan), Jan. 21, 2006. (Poster)
  • Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Hideaki Sugawara, “ Inter- and Intraspecies Characterizations of Gene and Genomic Sequences of Human and Mouse with Special Focus on Separation according to Functional Categories”, 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology, June 23, 2006.
  • Naoto Tanaka, Takashi Abe, Satoru Miyazaki, Hideaki Sugawara, “G-InforBIO: An integrated suite for genomics ”, 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology, June 23, 2006. (Poster)
  • Takehide Kosuge, Toshihisa Okido, Masaki Hirahata, Naoto Tanaka, Yasumasa Shigemoto, Satoru Miyazaki, Takashi Abe, Hideaki Sugawara, “Distribution of the annotation data obtained by simultaneous annotations of whole bacterial genomes ”, 20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology, June 23, 2006. (Poster)
  • Hideaki Sugawara, Satoru Miyazaki, Yasumasa Shigemoto and Takashi Abe, “From Web services towards the semantic Web”, LSGRID2006 (Yokohama, Japan), Oct 13, 2006. (Poster)
  • Takashi Abe1, Hideaki Sugawara1, Makoto Kinouchi2, Shigehiko Kanaya3 and Toshimichi Ikemura, "Alignment-free method for phylogenetic classification of sequences from environmental mixed genomes: Self-Organizing Map (SOM).",Symposium on Evolutionary Genomics (Costa Rica), January 7-12, 2007. (Oral)
  • Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Toshimichi Ikemura, “A novel bioinformatics strategy for unveiling microbial diversity of uncultured microbe mixtures on the basis of Self-Organizing Map (SOM)”, XXX Symposium on Polar Biology, (Tokyo, Japan), Nov 15, 2007. (Poster)
  • Ryosuke Nakai, Takeshi Naganuma, Hiroshi Kagoshima, Hironori Niki, Yuji Kohara, Satoshi Imura, Satoshi Kanda, Katsuhiko Yanagihara, Tomoya Baba, Takashi Abe, Takanori Narita, ”Ribosomal RNA-based analysis of microbiota from an Antarctic moss pillar”, XXX Symposium on Polar Biology, (Tokyo, Japan), Nov 15, 2007. (Poster)
  • Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura, “A novel bioinformatics strategy for unveiling microbial diversity of uncultured microbe mixtures on the basis of Batch-Learning Self-Organizing Map (BLSOM)”, The 7th International Workshop on Advanced Genomics (Tokyo, Japan), Nov 27, 2007. (Poster)
  • Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Hiroshi Uehara, Toshimichi Ikemura, "A novel bioinformatics strategy for prediction of functions of a massive amount of poorly-characterized protein genes obtained by metagenome studies", XX International Congress of Genetics (Berlin, Germany), July 17, 2008. (Oral)
  • Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura, "Phylogenetic characterization of non-rRNA sequences from uncultured environmental microbe mixtures on the basis of Batch Learning Self-Organizing Map (BLSOM).", XXXI Symposium on Polar Biology, (Tokyo, Japan), Dev 3, 2008. (Oral)
  • Ryosuke Nakai, Takashi Abe, Tomoya Baba, Satoshi Imura, Hiroshi Kagoshima, Hiroshi Kanda, Yuji Kohara, Takeshi Naganuma, Hironori Niki, Katsuhiko Yanagihara, "Diversity of green-like ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase/oxygenase(RuBisCO) Large-subunit genes in an Antarctic moss pillar", Xth SCAR International Biology Symposium, (Hokkaido Univ., Sapporo), July 26-31, 2009. (Oral)
  • Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura, "Unveiling microbial diversity of uncultured environmental microbe mixtures on the basis of Batch Learning Self-Organizing Map (BLSOM)", Xth SCAR International Biology Symposium, (Hokkaido Univ., Sapporo), July 26-31, 2009. (Poster)
  • Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura, "Unveiling microbial diversity of uncultured environmental microbe mixtures and functions of metagenome sequences using Batch Learning Self-Organizing Map (BLSOM)", International Symposium on Marine Genomics 2009 (Okinawa, Japan), Dec 15-18, 2009. (Oral)
  • Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, yasuo Ohara, Hiroshi Uehara, Makoto Kinouchi, Junichi Sugahara, Akio Kanai, Shigehiko Kanaya, Yuko Yamada, Akira Muto, Hachiro Inokuchi, "tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts", 23rd tRNA workshop (Aveiro, Portugal), Jan 28 - Feb. 2, 2010 (oral)
  • Takashi Abe, Yuki Iwasaki, Hiroshi Uehara, Kennosuke Wada, and Toshimichi Ikemura, “Visualization of genome signatures and its application to virus and eukaryote genomes”, An International Meeting honouring Jacques Monod on the 100th Anniversary of his birth and the 40th Anniversary of his book (Ravello, Italy), October 20-23 2010.(oral)
  • Hiroshi Uehara, Toshimichi Ikemura, Hachiro Inokuchi, Chieko Wada, Yuko Yamada, Akira Muto, Yasuo Ohara,Takashi Abe，“Knowledge discovery and database construction for Genes Contributing to "Sustainable World" and "Human Health" & tRNA Gene Database Curated manually by Experts under collaboration with undergraduate students and senior scientists.”，Biocuration 2010，August 12･13th, 2010 (Tokyo) (Poster).
  • Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Masae Itoh, Toshimichi Ikemura, and Takashi Abe, A Novel Bioinformatics Strategy to Predict Direcitional Changes of Influenza A Virus Genome Sequences. Workshop on Self-Organizing Map 2011, 15 June 2011 (Espoo, Finland) (Oral).
  • Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, Junichi Sugahara, Akio Kanai, Yasuo Ohara, Hiroshi Uehara, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Yuko Yamada, Akira Muto and Hachiro Inokuchi. tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts. RNA 2011, 17 June 2011 (Kyoto, Japan) (Poster).
  • Takashi Abe, Yuki Iwasaki, Hiroshi Uehara, Yuuta Hamano, Kennosuke Wada and Toshimichi Ikemura. Visualization of Genome Signatures with BLSOM and its Application to Eukaryotic and Viral genomes. Society for Molecular Biology and Evolution 2011, 26 July, 2011 (Kyoto, Japan) (Oral, Invited).
  • Yuki Iwasaki, Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Masae Itoh, and Takashi Abe. A Novel Evolutionary Study to Predict Directional Changes of Influenza A Virus Genome Sequences. Society for Molecular Biology and Evolution 2011, (Kyoto, Japan), July 26 -30, 2011 (Poster).
  • Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Masae Itoh, Toshimichi Ikemura, and Takashi Abe. Prediction of Directional Changes of Influenza A Virus Genome Sequences using BLSOM with Emphasis on Pandemic H1N1/09. Society for Molecular Biology and Evolution 2011, 26 July, 2011 (Kyoto, Japan) (Oral, Invited).
  • Takashi Abe, Ryo Nakao, Toshimichi Ikemura, Frans Jongejan, and Chihiro Sugimoto. Unveiling of microbial diversities within tick guts by analyzing metagenomic sequences with Batch Learning Self-Organizing Map (BLSOM). 7th International Conference on Ticks and Tick-borne Pathogens (TTP-7), 28 August - 2 September 2, 2011 (Zaragoza, Spain) (Poster).
  • Chihiro Sugimoto, Ryo Nakao, Toshimichi Ikemura, Frans Jongejan, and Takashi Abe. Metagenomic approach to identify tick-borne pathogens by using ultra high throughput DNA sequencing and data analyzing technologies. 7th International Conference on Ticks and Tick-borne Pathogens (TTP-7), 28 August - 2 September 2, 2011 (Zaragoza, Spain) (Oral).
  • Kyoko Hayashida, Takashi Abe, Ryo Nakao, Kimihito Ito, Kiichi Kajino, Drik Deysen, Frans Jongejan, and Chihiro Sugimoto. Whole genome next-generation sequencing reveals genome-wide nucleotide level polymorphisms in Theileria parva. 7th International Conference on Ticks and Tick-borne Pathogens (TTP-7), 28 August - 2 September 2, 2011 (Zaragoza, Spain) (Poster).
  • Takashi Abe, Ryo Nakao, Toshimichi Ikemura, Frans Jongejan, and Chihiro Sugimoto. Metagenomic analysis for unveiling of microbial diversities within tick guts. International Union of Microbiological Societies 2011 Congress, 8 Sept., 2011 (Sapporo, Japan) (Oral, Invited).
  • Takashi Abe, Manabu Ohi, Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Hiroshi Uehara, and Toshimichi Ikemura. A bioinformatics strategy to clarify microbial community structures by analyzing metagenomic sequences on the basis of Batch-Learning Self-Organizing Map. International Union of Microbiological Societies 2011 Congress, 8 Sept., 2011 (Sapporo, Japan) (Poster).
  • Yuki Iwasaki, Kennosuke Wada, Takashi Abe and Toshimichi Ikemura. Powerful visualization of regional genomic signatures: Notable clustering of transcription-factor-binding motifs in human pericentric regions. EMBO workshop "Evolution in the time of Genomics", May 2012 (Venice, Italy).
  • Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada and Toshimichi Ikemura. A novel bioinformatics tool "BLSOM" for molecular evolutionary and functional analyses, 63rd FUJIHARA SEMINAR A new horizon of retroposon research, August 2012 (Kyoto, Japan,).
  • Yuki Iwasaki, Takashi Abe, Kennosuke Wada Yoshiko Wada and Toshimichi Ikemura. Novel bioinformatics strategies to analyze massive influenza virus genome sequences using Batch-Learning Self Organizing Map (BLSOM). ANSCSE17, Mar 2013 (Khon Kaen, Thailand).
  • Yongjin Qiu, Ryo Nakao, Takashi Abe, and Chihiro Sugimoto, Tick virome analysis using a high-throughput sequencing technology. TTP8, Aug. 2014 (Cape Town, South Africa) (Oral).
  • Akihito Kikuchi, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura and Takashi Abe. Development of Self-Compress BLSOM for comprehending big sequence data. GIW2014, Dec. 2014 (Tokyo, Japan) (Poster).
  • Takashi Abe, Hachiro Inokuchi, Yuko Yamada, Akira Muto and Toshimichi Ikemura. tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts. GIW2014, Dec. 2014 (Tokyo, Japan) (Poster).
  • Ryo Nakao, Takashi Abe, Yongjin Qiu, May Thu, and Chihiro Sugimoto. First isolation of Chlamdiae from an ixodid tick collected in Japan. ISME2016, Aug. 2016 (Montreal, Canada) (Poster).
  • Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, and Toshimichi Ikemura. Phylogenetic estimation and classification of metagenomic sequences on the basis of batch-learning self-organizing map. ISME2016, Aug. 2016 (Montreal, Canada) (Poster).
  • Kenta Kushiro, Takashi Abe, Saburo Tanizaki, Ryohei Horie, Akihiro Kond. Elucidation of the Microbiota in the Bathtub Water by 16S rRNA Metagenome Analysis. Legionella conference 2019, Sept. 2019 (Los angeles, USA) (Oral).
  • Toshimichi Ikemura, Kennosuke Wada, Yoshiko Wada, Yuki Iwasaki, Yasushi Hiromi, Takashi Abe. Time-series analysis of directional sequence changes in SARS-CoV-2 genomes and an unsupervised explainable AI for studying corona virus genomes. International Symposium　“Global Collaboration on Data beyond Disciplines”23 – 25 Sept. 2020　Online Conference (Invited, Oral).
  • Masaki Okunaga, Ayano Ibata, Kenta Kushiro, Ryohei Horie, Akihiro Kondo, Takashi Abe. Comparison of microbiota in artificial environment water by metagenomic analysis. The 10th International Conference on Legionella, September 20-23, 2022. (Yokohama, Japan) (Poster)
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国際会議発表 (査読なし)†

  • Takashi ABE, Makoto KINOUCHI, Shigehiko KANAYA, Yoshihiro KUDO, and Toshimichi IKEMURA, “Codon usage diversity of bacterial genes: An application of self-organization mapping for investigating origin of horizontal transfer genes”, The 6th International Symposium, The Graduate University for Advanced Studies (Hayama, Japan), March 2001.
  • Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, and Toshimichi IKEMURA, “A novel strategy to disclose hidden signatures in individual prokaryotic and eukaryotic genomes”, Molecular Evolution jointly organized by Interantional Society of Molecular Evolution and Society for Molecular Biology and Evolution (Sorrento, italy), June 2002.
  • Takashi ABE, Shigehiko KANAYA, and Toshimichi IKEMURA, “Self-organizing maps reveal hidden genome characteristics on a single map analyzing 90 genomes of prokaryotes and eukaryotes”, The 18th International Symposium in Conjunction with Award of International Prize for Biology, “The Biology of Evolution: Molecular Basis of Evolution” (Tokyo), December 2002.
  • Toshimichi IKEMURA, Takashi ABE, Makoto KINOUCHI, Yoshihiro KUDO, Satoshi NAKAGAWA, Tokio KOZUKI, Yoko KOSAKA, and Shigehiko KANAYA, “Novel bioinformatics for unveiling hidden genome signatures: identification of horizontally transferred genes and metagenome analysis”, International Workshop for Escherichia coli Towards New Biology in the 21st Century (Awaji, Japan), October 2003.
  • Hiroshi Uehara, Kayo Tanahashi, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura, “Database for Genes Contributing to Sustainable World”, The 3rd Joint Seminar of Nagahama Institute of Bio-Science and Technology and Marine Bio NURI Center, Pukyong National University, (Shiga, Japan), April 2008.
  • Hiroshi Uehara, Takashi Abe, Chieko Wada, Hachiro Inokuchi，Toshimichi Ikemura, Database for Genes Contributing to “Sustainable World” / Database for Genes Contributing to “Human Health”, The 4th Joint Seminar of Nagahama Institute of Bio-Science and Technology and Marine Bio NURI Center, Pukyong National University, (Pukyong, Korea), April 2009.
  • Yu Akazawa, Takashi Abe. Elucidation of Low Temperature adaptation Strategy in Antarctical Bacteria Based on Genome Signature. The 6th International Symposium on Fusion Technology 2018 at Niigata, Jan 2018. (Niigata) (Poster)
  • Yugo Fujita, Takashi Abe. Comprehensive detection of candidate genes of Horizontal Gene Transfer derived from microbes is plant genomes.The 6th International Symposium on Fusion Technology 2018 at Niigata, Jan 2018. (Niigata) (Poster)
  • Yutaro Tanaka, Takashi Abe. Improvement of Batch-Learning Self-Organizing Map for high performance computing. The 6th International Symposium on Fusion Technology 2018 at Niigata, Jan 2018. (Niigata) (Poster)
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特許†

  • 発明の名称：「塩基配列の分類システムおよびオリゴヌクレオチド出現頻度の解析システム」
    • 出願番号：2003-328845
    • 公開番号：2005-92786
    • 出願人：大学共同利用機関法人　情報・システム研究機構
    • 発明者：池村淑道、金谷重彦、阿部貴志、木ノ内誠、中川智、上月登喜男
    • 出願日：2003年9月19日
    • 公開日：2005年4月7日
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国内学会・シンポジウム・研究会発表†

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1999年†

  • 阿部貴志, 金谷重彦, 工藤喜弘, 木ノ内誠, 大平賢, “学習順に依存しない自己組織化法の開発”, 第22回情報化学討論会 (米沢), 1999年11月.
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2000年†

  • 阿部貴志, 木ノ内誠, 金谷重彦, 工藤喜弘, “自己組織化法による遺伝子の分類”, 情報処理学会東北支部研究会, 平成11年度第5回 (米沢), 2000年3月.
  • 木ノ内誠, 阿部貴志, 工藤喜弘, 金谷重彦, “一括学習SOMを用いたコドン利用特性に基づく遺伝子の分類”, Annals of Neuroscience Meeting in Yamagata, Vol. 1, pp. 55-60, 2000年5月.
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2001年†

  • 金谷重彦, 阿部貴志, 木ノ内誠, 工藤喜弘, “遺伝子分類への自己組織化法の適用”, 情報処理学会東北支部研究会, 平成12年度第4回 (米沢), 2001年3月.
  • 阿部貴志, 木ノ内誠, 金谷重彦, 西達也, 河合宏紀, 市場勇太, 西橋藍, 中川智, 上月登喜男, 大山彰, 工藤喜弘, 池村淑道, “改良型自己組織化法によるコドン組成に基づく遺伝子の分類”, 第24回日本分子生物学会 (横浜), 2001年12月.
  • 西達也, 河合宏紀, 市場勇太, 西橋藍, 太田紀夫, 中川智, 上月登喜男, 大山彰, 阿部貴志, 木ノ内誠, 金谷重彦, 工藤喜弘, 池村淑道, “改良型コホネン自己組織化法によるモデル生物のゲノム解析”, 第24回日本分子生物学会 (横浜), 2001年12月.
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2002年†

  • 阿部貴志, 上月登喜男, 河合宏紀, 西達也, 大山彰, 木ノ内誠, 金谷重彦, 工藤喜弘, 池村淑道, “改良型自己組織化法を利用した遺伝子機能予測システム(XanaMine)の開発”, 第4回ワークショップ「微生物ゲノム研究のフロンティア」 (木更津), 2002年2月.
  • 阿部貴志, 金谷重彦, 木之内誠, 市場勇太, 上月登喜男, 池村淑道, “ゲノム配列中に潜む生物種固有な特徴を検出するための新規な情報学的手法”, 日本遺伝学会第74回大会 (福岡), 2002年10月.
  • 池村淑道, 阿部貴志, 市場勇太, 渡辺良久, 木之内誠, 金谷重彦, “ヒトゲノム配列中に潜む多様な特徴を検出する新規な情報学的手法”, 日本遺伝学会第74回大会 (福岡), 2002年10月.
  • 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 市場勇太, 池村淑道, “広範囲な生物ゲノムに潜む種固有な特徴を検出するための自己組織化法 (SOM)”, 第3回CBI学会, (東京), 2002年9月.
  • 阿部貴志, 金谷重彦, 木之内誠, 市場勇太, 上月登喜男, 池村淑道, “ゲノム配列中に潜む生物種固有な特徴を検出するための新規アルゴリズム(SOM)の開発”, 第25回日本分子生物学会 (横浜), 2002年12月.
  • 阿部貴志, 池村淑道, 金谷重彦, “自己組織化法に基づいた種固有のオリゴヌクレオチド組成の多様性”, 第25回日本分子生物学会 (横浜), 2002年12月.
  • 上月登喜男, 阿部貴志, 池村淑道, 金谷重彦, 中川智, 大山彰, “改良型自己組織化アルゴリズムを用いたデータマイニング システム(XanaMine)の機能拡張”, 第25回日本分子生物学会 (横浜), 2002年12月.
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2003年†

  • 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 大山彰, 池村淑道, “自己組織化地図法(SOM)を用いた配列既知の全ゲノムを対象にしたゲノム個性の解析”, 第5回ワークショップ「微生物ゲノム研究のフロンティア」 (木更津), 2003年3月.
  • 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 池村淑道, ``自己組織化法のゲノム配列解析への適用,'' 第4回自己組織化マップ研究会2003 (東京), pp. 53-58, 2003年3月.
  • 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 中川智, 福島敦史, 小坂洋子, 池村淑道, “自己組織化法に基づいた生物種固有のオリゴヌクレオチド組成によるゲノム多様性の解明”, 第5回進化学会 (福岡), 2003年8月.
  • 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 上月登喜男, 中川智, 福島敦史, 小坂洋子, 池村淑道, “ゲノム配列に潜む生物種の個性に着目したゲノム進化の素過程の研究”, 第5回進化学会 (福岡), 2003年8月.
  • 池村淑道, 阿部貴志, 木ノ内誠, 金谷重彦, “真核生物ゲノムの多様な遺伝シグナルを検出する新規な情報学的手法; 自己組織化地図法(SOM)”, 日本遺伝学会第75回大会 (仙台), 2003年9月.
  • 阿部貴志, 中川智, 上月登喜男, 金谷重彦, 木ノ内誠, 小坂洋子, 池村淑道, “自己組織化地図法(SOM)に基づいたオリゴヌクレオチド組成による環境微生物群の系統推定法の開発” , 日本遺伝学会第75回大会 (仙台), 2003年9月.
  • 福島敦史, 阿部貴志, 池村淑道, 深川竜郎, “自己組織化地図法(SOM)を用いたセントロメア領域の生物情報学的解析”, 日本遺伝学会第75回大会 (仙台), 2003年9月.
  • 阿部貴志, 中川智, 上月登喜男, 金谷重彦, 木ノ内誠, 池村淑道, “自己組織化地図法(SOM)に基づいたオリゴヌクレオチド組成による環境微生物群の
    系統推定法の開発”, 第4回極限環境微生物学会年会 (埼玉), 2003年12月.
  • 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 小坂洋子, 池村淑道, “Non-coding RNAならびにcDNAのUTR領域の機能推定のための新規な情報学: 自己組織化地図法SOM”, 第26回日本分子生物学会年会 (神戸), 2003年12月.
  • 阿部貴志, 金谷重彦, 木ノ内誠, 中川智, 上月登喜男, 福島敦史, 小坂洋子, 池村淑道, “真核生物ゲノム配列に潜む新たな暗号を網羅的に探索する情報学: 自己組織化地図法 (SOM: Self-organizing Map)”, 第26回日本分子生物学会年会 (神戸), 2003年12月.
  • 中川智, 阿部貴志, 上月登喜男, 金谷重彦, 池村淑道, “自己組織化地図法(SOM)に基づいたオリゴヌクレオチド組成による培養困難な環境微生物群の系統推定法の開発”, 第26回日本分子生物学会年会 (神戸), 2003年12月.
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2004年†

  • 阿部貴志、金谷重彦、木ノ内誠、上月登喜男、中川智、小坂洋子、池村淑道、“生物多様性とゲノム機能研究への新規な情報学的手法；自己組織化マップ(Self-Organizing Map: SOM).” 第6回ワークショップ「微生物ゲノム研究のフロンティア」 (木更津), 2004年3月.
  • 阿部貴志、菅原秀明、池村淑道, “環境中に潜んでいる未開拓ゲノム資源を活用するためのバイオインフォマティクス”, 国際バイオEXPO (東京), 2004年5月.
  • 阿部貴志、池村淑道、中川智、上月登喜男、木ノ内誠、金谷重彦、菅原秀明, “環境由来DNA配列に基づく培養困難な微生物群の系統推定のための新規な情報学的手法：自己組織化地図法(Self-Organizing Map)”, 第6回進化学会 (東京), 2004年8月.
  • 阿部貴志、宮崎智、菅原秀明、”PCクラスタによるゲノム解析”、 サイエンティフィック研究会・科学技術計算分科会 (東京), 2004年8月.
  • 阿部貴志、菅原秀明、金谷重彦、木ノ内誠、中川智、上月登喜男、池村淑道, “自己組織化地図法(SOM)を用いた環境中の難培養性微生物群由来のゲノムDNA断片配列の系統分類”, 日本遺伝学会第76回大会 (大阪), 2004年9月
  • 阿部貴志、菅原秀明、木ノ内誠、金谷重彦、池村淑道、“ゲノムに潜む道のシグナル配列類を探索するための新規なゲノム情報学”、第２７回日本分子生物学会年会 (神戸), 2004年１２月
  • 田中尚人、小菅武英、大城戸利久、平畠壮規、重元康昌、宮崎智、阿部貴志、菅原秀明、“国際塩基配列データベース登録微生物 ORF の統一的再評価”、日本微生物系統分類研究会、(伊東)、２００４年１１月
  • 小林久人、阿部貴志、池村淑道、佐々木裕之、“マウスインプリティング遺伝子のDMRに共通な特徴の探索”、第２７回日本分子生物学会年会 (神戸), 2004年１２月
  • 田中尚人、阿部貴志、宮崎智、菅原秀明、”比較ゲノム解析ツール 「G-InforBIO」の開発”、 第２７回日本分子生物学会年会 (神戸), 2004年１２月
  • 菅原秀明、宮崎智、中村洋路、福地佐斗志、小菅武英、大城戸利久、真島淳、橋爪亜紀、田中尚人、丸山穣、平畠壮規、阿部貴志、西川健、舘野義男、五條堀孝、“微生物における遺伝子多様性の解明”、第２７回日本分子生物学会年会 (神戸), 2004年１２月
  • 阿部貴志、池村淑道、中川智、上月登喜男、木ノ内誠、金谷重彦、菅原秀明、“環境由来DNA配列に基づいた自己組織化地図法(Self-Organizing Map)による培養困難な微生物群の系統推定手法の開発”、第２７回日本分子生物学会年会 (神戸), 2004年１２月
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2005年†

  • 小菅武英、大城戸利久、平畠壮規、田中尚人、重元康昌、宮崎智、阿部貴志、菅原秀明、”共通プロトコールによる微生物ゲノムの再アノテーション”、第7回微生物ワークショップ(かずさ)、2005年3月
  • 田中尚人、阿部貴志、宮崎智、菅原秀明、”比較ゲノム解析ツール「G-InforBIO」”、第7回微生物ワークショップ(かずさ)、2005年3月
  • 阿部貴志、池村淑道、金谷重彦、木ノ内誠、上月登喜男、中川智、菅原秀明、”環境由来DNA配列解析に基づく培養困難な微生物群の系統推定のための新規な情報学的手法：自己組織化地図法 (Self-Organizing Map)”、 第7回微生物ワークショップ(かずさ)、2005年3月. (ポスタ)
  • 小林悟志、川本祥子、水田洋子、ムリアディ・ヘンドリー、出宮スウェン・ミノル、白井康之、市吉伸行、荒木次郎、伊藤武彦、阿部貴志、五条堀孝、菅原秀
    明、宮崎智、北本朝展、武田英明、藤山秋佐夫、“　新世代バイオポータル：生物学教育に活用できるWEBサイトの開発”第52回日本生態学会(大阪), 2005年3月. (ポスタ)
  • 田中尚人、阿部貴志、宮崎智、菅原秀明、”微生物データ抽出・分類・同定システムInforBIOの開発”、2005年度日本農芸化学会(札幌)、2005年3月. (ポスタ)
  • 内山拓、阿部貴志、池村淑道、渡辺一哉、”SIGEX法により選択されたメタゲノム断片の解析”、2005年度日本農芸化学会(札幌)、2005年3月. (ポスタ)
  • 平畠壮規, 田中尚人, 重元康昌, 阿部貴志, 菅原秀明, “細菌毒素データベースの構築”, 日本微生物資源学会第１２回大会(かずさ), 2005年６月. (ポスタ)
  • 阿部貴志, 池村淑道, 金谷重彦, 木ノ内誠, 菅原秀明, “自己組織化地図法(Self-Organizing Map)に基づいた環境由来DNA配列からの微生物多様性解明”, 日本微生物資源学会第１２回大会(かずさ), 2005年６月. (ポスタ)
  • 小林悟志, 川本祥子, 北本朝展, 水田洋子, 出宮スヴェンミノル, ムリアディヘンドリー, 鈴木聡, 阿部貴志, 荒木次郎, 白井康之, 伊藤武彦, 近藤隆, 宮崎智, 五条堀孝, 菅原秀明, 武田英明, 藤山秋佐夫, “新世代バイオポータル：理科教育に活用できるWebサイト”, 日本植物学会第69回大会(富山), 2005年９月. (ポスタ)
  • 小林悟志、川本祥子、水田洋子、出宮スウェンミノル、ムリアディヘンドリー、鈴木聡、阿部貴志、荒木次郎 、白井康之、伊藤武彦、近藤隆、北本朝展、宮崎智、五条堀孝、菅原秀明、武田英明、藤山秋佐夫, “新世代バイオポータル：理科教育および遺伝学教育に活用できるWebサイト”, 日本遺伝学会第第77回大会(東京), 2005年９月. (口頭)
  • 阿部貴志、田中尚人、“メタゲノム解析と情報学的手法を駆使したアカシボの微生物叢の解明”, アカシボ研究集会(札幌), 2005年10月. (口頭)
  • 森浩禎、林晃司、諸岡直樹、堀内嵩、小菅武英、阿部貴志、馬場智哉、中東憲治、”An E. coli annotation snapshot 2005 – 正確なE. coli K-12株のゲノム配列に基づく高精度なアノテーション”、第28回日本分子生物学会年会(博多), 2005年12月.　 (ポスタ)
  • 小林久人、阿部貴志、小原雄治、池村淑道、佐々木裕之、”マウスインプリンティング遺伝子のDMRに共通な特徴”, 第28回日本分子生物学会年会(博多), 2005年12月.　 (ポスタ)
  • 川本祥子、荒木次郎、宮崎智、阿部貴志、重元康昌、五条堀孝、伊藤武彦、谷口丈晃、近藤隆、白井康之、市吉伸行、小林悟志、水田洋子、出宮スウェンミノル、ムリアディヘンドリー、鈴木聡、塚本ゆみ、許山肖子、久木田加津子、北本朝展、武田英明、菅原秀明、藤山秋佐夫, “日本語バイオポータル：バイオ情報共有基盤とポータルサイトの開発” 第28回日本分子生物学会年会(博多), 2005年12月.　 (ポスタ)
  • 重元康昌、平畠壮規、田中尚人、阿部貴志、菅原秀明、”日本語バイオポータル：ゲノムメニュー”、第28回日本分子生物学会年会(博多), 2005年12月.　 (ポスタ)
  • 菅原秀明、重元康昌、田中尚人、平畠壮規、阿部貴志、”日本語バイオポータル：バイオWebサービスの発見と統合” 、第28回日本分子生物学会年会(博多), 2005年12月.　 (ポスタ)
  • 荒木次郎、谷口丈晃、伊藤武彦、出宮スウェンミノル、川本祥子、黒木陽子、田中尚人、阿部貴志、宮崎智、菅原秀明、藤山秋佐夫、”日本語バイオポータル：ユーザのあいまいな解析要求を実現するためのタスクオントロジの整備”, 第28回日本分子生物学会年会(博多), 2005年12月.　 (ポスタ)
  • 平畠壮規、宮崎智、阿部貴志、桑名良和、重元康昌、菅原秀明、”比較ゲノム機能を備えたウィルスゲノムデータベースGenome Information Broker for Viral genomes (GIB-V)の開発”, 第28回日本分子生物学会年会(博多), 2005年12月.　 (ポスタ)
  • 田中直人、阿部貴志、宮崎智、菅原秀明、”ゲノム情報活用ツール「G-InforBIO」”, 第28回日本分子生物学会年会(博多), 2005年12月.　 (ポスタ)
  • 小菅武英、阿部貴志、舘野義男、菅原秀明、“真正細菌・古細菌ゲノムをターゲットとしたISデータベースの構築”, 第28回日本分子生物学会年会(博多), 2005年12月.　 (ポスタ)
  • 阿部貴志、池村淑道、木ノ内誠、金谷重彦、菅原秀明, ”環境由来DNA配列を用いた自己組織化地図法(Self-Organizing Map)による培養困難な微生物群の系統推定手法の開発”, 第28回日本分子生物学会年会(博多), 2005年12月.　 (ポスタ)
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2006年†

  • 小林悟志、川本祥子、水田洋子、出宮スウェンミノル、ムリアディヘンドリー、鈴木聡、阿部貴志、荒木次郎 、白井康之、伊藤武彦、近藤隆、北本朝展、宮崎智、五条堀孝、菅原秀明、武田英明、藤山秋佐夫, “新世代バイオポータル：理科教育および遺伝学教育に活用できるWebサイト” 日本生物教育学会第80回全国大会(横浜) 2006年1月　(ポスタ)
  • 田中尚人、阿部貴志、宮崎智、菅原秀明、”比較ゲノム解析ツール「G-InforBIO」”, 第8回微生物ゲノム研究のフロンティア(かずか) 2006年3月　(ポスタ)
  • 阿部貴志、池村淑道、田中尚人、金谷重彦、木ノ内誠、菅原秀明、”環境由来DNA配列を用いた自己組織化地図法(Self-Organizing Map: SOM)による微生物群集比較”, 第8回微生物ゲノム研究のフロンティア(かずさ) 2006年3月　(ポスタ)
  • 小菅武英、大城戸利久、平畠壮規、田中尚人、重元康昌、宮崎智、阿部貴志、菅原秀明、”微生物ゲノムの一斉アノテーションから得られる遺伝子データの提供”, 第8回微生物ゲノム研究のフロンティア(かずさ) 2006年3月 (口頭)
  • 阿部貴志, “微生物ゲノムの共通プロトコルによる遺伝子配列情報の提供”, RSCCにおける研究事例紹介と次世代スーパーコンピュータの開発, 2006年3月(埼玉、和光市) (口頭) [#j6e405ab]
  • 阿部貴志、菅原秀明、金谷重彦、池村淑道、”ヒトとチンパンジーを中心とした近縁ゲノム間変異と変異を生む要因”, 日本遺伝学会第78回大会, 2006年9月 (つくば)口頭
  • 阿部貴志、”DDBJ Web services (DDBJ-XML)の更なる利用向上への取り組みについて”、第３回オントロジー研究会・第４回オープンバイオ研究会、2006年10月 (東京)口頭
  • 阿部貴志、重元康昌、宮崎智、菅原秀明、“DDBJにおけるWeb services (DDBJ-XML)とその利用環境の構築について”, ゲノム情報利用ワークショップ2007、2007年2月 (かずさ)口頭
  • 平畠壮規, 田中尚人, 平井朝裕, 桑名良和, 重元康昌, 郡川幸治, 宮崎智, 阿部貴志, 菅原秀明, “微生物およびウイルスの比較ゲノムのためのシステム構築”, 第1回日本微生物ゲノム学会, 2007年3月 (かずさ) ポスター
  • 阿部貴志, 池村淑道, 木ノ内誠, 金谷重彦, 菅原秀明, “自己組織化地図法(Self-Organizing Map: SOM)による環境微生物ゲノム由来断片配列解析”, 第1回日本微生物ゲノム学会, 2007年3月 (かずさ) 口頭
  • 小菅武英、大城戸利久、平畠壮規、田中尚人、重元康昌、宮崎智、阿部貴志、菅原秀明, “GTPS (Gene Trek in Prokaryote Space)：共通プロトコルに基づくバクテリアゲノムからの遺伝子探索”, 第1回日本微生物ゲノム学会, 2007年3月 (かずさ) ポスター
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2007年†

  • 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道、“データベースに蓄積の著しい機能未知のタンパク質類の機能推定のための自己組織化マップの開発”, 日本遺伝学会第79回大会, 2007年9月 (岡山) 口頭.
  • 上原啓史, 阿部貴志, 棚橋佳世, 中原拓, 大島一彦, 池村淑道, “学部教育としての持続可能型社会への貢献遺伝子データベース構築”, 日本遺伝学会第79回大会, 2007年9月 (岡山) 口頭.
  • 上原啓史，阿部貴志，棚橋佳世，濱野祐太，池村淑道，“あなたも「持続可能型社会への貢献遺伝子データベース」の構築に参加しませんか”，ゲノムひろば2007，2007年10月（大阪），ポスタ.
  • 阿部　貴志，金谷　重彦，池村　淑道, “データベースに蓄積の著しい機能未知のタンパク質類の機能推定のための自己組織化マップ法の開発”, 第30回情報化学討論会, 2007年11月 (京都), 口頭.
  • 上原啓史, 阿部貴志, 棚橋佳世, 中原拓, 大島一彦, 池村淑道, “学部教育としての持続可能型社会への貢献遺伝子データベース構築”, 第30回情報化学討論会, 2007年11月 (京都), 口頭.
  • 濱野 祐太，池村 淑道，金谷 重彦，阿部 貴志, “オリゴヌクレオチド頻度のSOM解析による真核生物ゲノム配列に潜む生物種による個性の解明”, 第30回情報化学討論会, 2007年11月 (京都), ポスタ.
  • 白井和英，阿部貴志，和田健之介，金谷重彦，池村淑道, “マウスゲノム由来のタンパク質をコードしないRNA類の自己組織化マップ（SOM）解析”, 第30回情報化学討論会, 2007年11月 (京都), ポスタ.
  • 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道、“超大型スーパーコンピュータで可能になるゲノム情報に基づく生物の俯瞰的把握と環境ゲノム資源活用のための情報学的手法確立”、次世代スーパーコンピューティング・シンポジウム2007 (2007年11月), ポスタ.
  • 小原康雄，井口八郎，武藤あきら，山田優子，木ノ内誠，前野聖，金谷重彦，池村淑道，阿部貴志，“tRNA遺伝子データベースの構築に向けた網羅的tRNA遺伝子の探索”，第30回日本分子生物学会年会，2007年12月（横浜），ポスタ.
  • 棚橋佳世，上原啓史，阿部貴志，池村 淑道，“持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの構築”，第30回日本分子生物学会年会，2007年12月（横浜），ポスタ.
  • 阿部貴志，金谷重彦，池村淑道，“データベースに蓄積の著しい機能未知のタンパク質類の機能推定のための一括学習型の自己組織化マップ法”，第30回日本分子生物学会年会，2007年12月（横浜），ポスタ.
  • 上原啓史，阿部貴志，棚橋佳世，濱野祐太，池村淑道， “あなたも「持続可能型社会への貢献遺伝子データベース」の構築に参加しませんか”，ミニゲノムひろば2007，2007年12月（福岡），ポスタ.
  • 阿部貴志, "自己組織化マップ(SOM)によるゲノムとタンパク質配列からの効率的な知識発見", 化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム, 2007年12月 (東京), 招待公演.
  • 池村淑道, "公的データベースからの新規遺伝子の発掘：持続可能型社会への貢献遺伝子データベースの構築", 化学と生物学を統合する情報学に関するシンポジウム, 2007年12月 (東京), 招待公演.
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2008年†

  • 上原啓史、棚橋佳世、阿部貴志、池村淑道、"持続可能型社会への貢献遺伝子データベース　"膨大な環境由来メタゲノム配列からの有用遺伝子探索"", 第２回日本微生物学会年会, 2008年3月, (大阪), (口頭)
  • 阿倍貴志、金谷重彦、池村淑道、"オリゴペプタイド情報を用いた一括学習型の自己組織化マップ法による機能未知のタンパク質類の機能推定法の開発", 第２回日本微生物学会年会, 2008年3月, (大阪), (口頭)
  • 高坂智之、加藤創一郎、下山武文、石井俊一、阿部貴志、渡辺一哉、"生育環境に適応し進化したPelotomaculum thermopropionicumのゲノム", 第２回日本微生物学会年会, (2008/03, 大阪) (ポスタ)
  • 山田 智紀, 阿部 貴志, 池村 淑道, 鈴木 徹,"自己組織化マップSOMを用いたBifidobacterium adolescentisのゲノム解析", 日本農芸化学会2008年度大会, 2008年3月, (名古屋), (口頭).
  • 阿部貴志、"学部教育における DDBJ の活用について", DDBJing講習会, 2008月6月, (三島) (講師)
  • 上原啓史、"学部学生による持続可能型社会への貢献遺伝子データベース構築", 統合データベース講習会 AJACS本郷１, 2008月7月, (東京).
  • 阿部貴志、池村淑道、小原康雄、武藤あきら、山田優子、上原啓史、木ノ内誠、金谷重彦、井口八郎、"エキスパートがキュレートしたtRNA データベース"，日本遺伝学会第80回大会，2008年9月(名古屋)，(口頭).
  • 上原啓史、阿部貴志、棚橋佳世、池村淑道、，"学部教育としての健康への貢献遺伝子データベース構築"，日本遺伝学会第80回大会，2008年9月(名古屋)，(口頭).
  • 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道、"一括学習型自己組織化地図法（Batch Learning Self-Organizing Map: SOM）による環境微生物ゲノム群集の解明"，日本遺伝学会第80回大会，2008年9月(名古屋)，(口頭).
  • 池村淑道、"ゲノム配列に潜む生物種による特徴をコンピュータで探る"，日本遺伝学会第80回大会 市民公開講座，2008年9月(名古屋),(講演).
  • 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道、"一括学習型自己組織化地図法(Batch-Learning Self-Organizing Map: BLSOM)による環境生物ゲノム由来断片配列からの知識発見", 第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会, 2008年12月(神戸), (ポスタ・口頭).
  • 上原啓史、阿部貴志、棚橋佳世、陳キン、陸嘉俊、田中秀和、池村淑道、"持続可能型社会ならびに健康への貢献遺伝子データベース"、第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会, 2008年12月(神戸), (ポスタ).
  • 阿部貴志、 池村淑道、小原康雄、上原啓史、中泉友紀、平野晋也、木ノ内誠、金谷重彦、山田優子、武藤あきら、井口八郎、"エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース"、第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会, 2008年12月(神戸), (ポスタ).
  • 上原啓史、阿部貴志、池村淑道、"学部教育としての健康への貢献遺伝子データベース構築"、第31回日本分子生物学会年会・第81回日本生化学会大会合同大会, 2008年12月(神戸), (ポスタ).
  • 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道、"世界最高水準スーパーコンピュータで可能になる、全ゲノム・全タンパク質配列を対象にした大規模ポストゲノム解析", バイオスーパーコンピューティング・シンポジウム（BSCS）2008, 2008年12月(東京), (ポスタ).
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2009年†

  • 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道、"一括学習型自己組織化地図法による全ゲノム・全タンパク質配列を対象にした大規模ポストゲノム解析", 第3回微生物ゲノム学会, 2009年3月(東京), (口頭).
  • 阿部貴志、小原康雄、上原啓史、中泉友紀、平野晋也、木ノ内誠、金谷重彦、山田優子、武藤昱、井口八郎、池村淑道、"エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース", 第3回微生物ゲノム学会, 2009年3月(東京), (口頭).
  • 岩崎裕貴、阿部貴志、伊藤正恵、池村淑道、"インフルエンザウイルスを中心としたウイルスゲノムの新規情報学的手法による解析", 第3回微生物ゲノム学会, 2009年3月(東京), (ポスタ).
  • 上原啓史，阿部貴志，中泉夕紀，和田千惠子，井口八郎，池村淑道、"健康への貢献ならびに持続可能型社会への貢献遺伝子データベース", 第3回微生物ゲノム学会, 2009年3月(東京), (ポスタ).
  • 阿部貴志、小原康雄、上原啓史、平野晋也、木ノ内誠、金谷重彦、菅原潤一、金井昭夫、山田優子、武藤昱、井口八郎、池村淑道、"エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース",統合データベースプロジェクト ンポジウム2009, 2009年6月12日(東京), (ポスタ).
  • 上原啓史，阿部貴志, 中泉友紀, 和田千惠子, 井口八郎, 池村淑道，“学部教育としての 健康ならびに持続可能型社会への貢献遺伝子データベース構築”，統合データベースプロジェクト ンポジウム2009, 2009年6月12日 (東京), (ポスタ).
  • 阿部貴志, 池村淑道, 小原康雄, 上原啓史, 平野晋也, 木ノ内誠, 金谷重彦, 菅原潤一, 金井昭夫, 山田優子, 武藤昱, 井口八郎, "tRNADB-CE: エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース", RNA学会第11回大会, 2009年7月27-29日 (新潟), (Oral).
  • 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道、"全地球レベルの環境微生物多様性を把握・俯瞰するための新規情報学手法の開発", 第11回日本進化学会大会, 2009年9月2-4日(北海道), (ポスタ).
  • 上原啓史，阿部貴志, 中泉友紀, 和田千惠子, 井口八郎, 池村淑道，“環境微生物ゲノム配列からのお宝遺伝子発掘の学部や高校教育における活用”，日本遺伝学会 第81回大会, 2009年9月16日 (長野), (口頭).
  • 阿部貴志、小原康雄、上原啓史、平野晋也、木ノ内誠、金谷重彦、菅原潤一、金井昭夫、山田優子、武藤昱、井口八郎、池村淑道、"学部生シニア世代の共同作業としての「高精度・高機能な遺伝子データベース」の構築とその利用",日本遺伝学会 第81回大会, 2009年9月16日 (長野), (口頭).
  • 池村淑道，“学部生とシニア世代の共同作業としての知識発見とそのデータベース化”，日本遺伝学会 第81回大会, 2009年9月16日 (長野), (口頭).
  • 岩崎裕貴、阿部貴志、伊藤正恵、和田健之介、池村淑道、"全インフルエンザＡウィルスを対象にした新規情報学的手法による俯瞰的可視化とそこからの知識発見",日本遺伝学会 第81回大会, 2009年9月18日 (長野), (口頭).
  • 岩崎裕貴、池村淑道、伊藤正恵、阿部貴志、"オリゴヌクレオチド組成を用いた一括学習型自己組織化地図法によるA型インフルエンザウイルスの俯瞰的な特徴解明", 第18回バイオ情報学研究会、2009年9月17日、(北海道), (口頭).
  • 上原啓史，阿部貴志, 中泉友紀, 和田千惠子, 井口八郎, 池村淑道，“学部教育としての「健康」ならびに「持続可能型社会」への貢献遺伝子データベース構築”，第82回日本生化学会大会, 2009年10月23日 (神戸),(ポスタ).
  • 阿部貴志、金谷重彦、池村淑道、"データベースに蓄積の著しい機能未知のタンパク質類の機能推定のための一括学習型自己組織化マップ法", 第32回日本分子生物学会年会, 2009年12月10日 (横浜),(ポスタ).
  • 阿部貴志，池村淑道，小原康雄，上原啓史，平野晋也，木ノ内誠，金谷重彦，菅原潤一，金井昭夫，山田優子，武藤昱，井口八郎，" tRNADB-CE:エキスパートがキュレートしたtRNA 遺伝子データベース"，第32回日本分子生物学会年会, 2009年12月11日 (横浜),(ポスタ).
  • 上原啓史，阿部貴志, 中泉友紀, 和田千惠子, 井口八郎, 池村淑道，“学部生とシニア世代の共同作業としての“健康への貢献遺伝子データベース”構築，第32回日本分子生物学会年会, 2009年12月11日 (横浜),(ポスタ).
  • 岩崎裕貴、阿部貴志、伊藤正恵、和田健之介、池村淑道、"A型インフルエンザウイルスの全ゲノム配列を対象とした一括学習型自己組織化マップ法(BL-SOM)による効率的な知識発見とその応用",2009年12月11日 (横浜),(ポスタ).
  • 岩崎裕貴、阿部貴志、伊藤正恵、池村淑道，"A型インフルエンザウイルスの全ゲノム配列を対象とした新規情報学的手法による俯瞰的可視化とそこからの効率的知識発見"，第57回日本ウイルス学会学術集会, 2009年10月25日 (東京),(ポスタ).
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2010年†

  • 岩崎裕貴, 阿部貴志, 伊藤正恵, 和田健之介, 池村淑道 (2010) 新規情報学的手法によるインフルエンザAウイルスの俯瞰的可視化及び新型H1N1の変化予測. 第4回日本ゲノム微生物学会 (博多)　(口頭)
  • 阿部貴志, 上原啓史, 金谷重彦, 池村淑道 (2010) オリゴペプチド組成に基づく一括学習型自己組織化マップ(BLSOM)法を用いた機能未知のタンパク質類の機能推定法の確立. 第4回日本ゲノム微生物学会 (博多)　(ポスタ)
  • 上原啓史，阿部貴志, 中泉友紀, 和田千惠子, 井口八郎, 池村淑道，“学部教育としての健康への貢献遺伝子データベース ～抗生物質生産遺伝子を中心とした遺伝子探索～”，第4回日本ゲノム微生物学会(福岡)，2010年3月7日.(ポスタ)
  • 三崎優香, 阿部貴志, 上原啓史, 池村淑道, 井口八郎 (2010) tRNADB-CEを用いたバクテリアのtRNA遺伝子構造の解析. 第4回日本ゲノム微生物学会 (博多) (ポスタ)
  • 阿部貴志, 井口八郎, 上原啓史, 山田優子, 武藤昱, 池村淑道 (2010) tRNADB-CEを用いた次世代シーケンサー配列データに対する新規分子系統マーカーとしてのtRNA遺伝子の利用. 第12回日本RNA学会年会 (東京) (ポスタ)
  • 阿部 貴志, 井口 八郎, 上原啓史, 山田優子, 武藤昱, 池村淑道 (2010) tRNADB-CEを用いたメタゲノム配列データに対する新規分子系統マーカーとしてのtRNA遺伝子の利用. 日本進化学会第12回東京大会 (東京) (口頭)
  • 岩﨑裕貴, 阿部貴志, 伊藤正恵, 和田健之介, 池村淑道 (2010) 新規情報学的手法を用いたインフルエンザAウイルスゲノムの進化方向の予測. 日本進化学会第12回東京大会 (東京) (ポスタ)
  • 上原啓史，和田千惠子，中泉友紀，岩崎裕貴，池村淑道，阿部貴志，“環境ゲノム資源からの環境改善に役立つ有用タンパク質遺伝子の新規情報学的な手法による探索”，日本遺伝学会 第82回大会(札幌), 2010年9月20日.(口頭)
  • 阿部貴志，井口八郎，上原啓史，山田優子，武藤あきら，池村淑道，"メタゲノム配列データに対する新規分子系統マーカーとしてのtRNA遺伝子の利用"，日本遺伝学会第82回大会(札幌)，2010年9月20日.(口頭)
  • 上原啓史，阿部貴志，中泉友紀，池田俊，金谷重彦,池村淑道，“次世代シーケンサーによる個人ゲノム解読を含む大量配列解析の時代に必要となる人材の育成、並びにシニア世代研究者との共同作業によるデータベースの高品質化”，統合データベースプロジェクト シンポジウム2010(東京)，2010年10月5日.(ポスタ)
  • 阿部貴志, 大井学, 伊藤輝二, 岡田和典, 岩崎裕貴, 和田健之介, 金谷重彦, 池村淑道. "一括学習型自己組織化マップ法によるメタゲノム配列解析を対象にした環境微生物群集構造の解明", 第33回日本分子生物学会年会(神戸), 2010年12月8日.(口頭/ポスタ)
  • 上原啓史，和田千惠子，中泉友紀，古田亜耶乃，岩崎裕貴，池村淑道，阿部貴志，“環境ゲノム資源からの環境改善に役立つ有用タンパク質遺伝子セットの新規情報学的な手法による探索”，第33回日本分子生物学会年会(神戸), 2010年12月9日.(ポスタ)
  • 阿部貴志，池村淑道，小原康雄，上原啓史，木ノ内誠，金谷重彦，菅原潤一，金井昭夫，山田優子，武藤昱，井口八郎，" tRNADB-CE:エキスパートがキュレートしたtRNA 遺伝子データベース"，第33回日本分子生物学会年会(神戸), 2010年12月9日.(ポスタ)
  • 池田俊, 中村健介, 森本拓也, 阿部貴志, 池村淑道, 小笠原直毅, 金谷重彦. "枯草菌の縮小ゲノム株の全ゲノム解析", 第33回日本分子生物学会年会(神戸), 2010年12月10日.(ポスタ)
  • 岩崎裕貴, 阿部貴志, 和田健之介, 伊藤正恵, 池村淑道. "新規情報学的手法を用いたインフルエンザウイルスゲノムの変化方向の予測", 第33回日本分子生物学会年会(神戸), 2010年12月10日.(口頭/ポスタ)
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2011年†

  • 阿部貴志、池村淑道、藤井洋太郎、山田優子、武藤昱、井口八郎. "tRNADB-CEを用いた新型シーケンサ配列に対する新規分子系統マーカーとしてのtRNA遺伝子の利用", 第5回日本ゲノム微生物学会年会, 2011年3月16日. (口頭)
  • 岩崎裕貴、和田健之介、伊藤正恵、池村淑道、阿部貴志. "新規情報学的手法によるインフルエンザウイルスの特徴抽出ならびに変化予測", 第5回日本ゲノム微生物学会年会, 2011年3月16日. (口頭)
  • 大井学、岩崎裕貴、和田健之介、池村淑道、阿部貴志. "一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）を用いた環境由来メタゲノム配列からの環境微生物群集構造の推定", 第5回日本ゲノム微生物学会年会, 2011年3月16日. (口頭)
  • 阿部貴志、上原啓史、金谷重彦、池村淑道. "新規情報学的手法を用いたヒト腸内ならびに環境メタゲノム配列群からの効率的な知識発見", 第151回日本獣医学会学術集会 (東京) 2011年3月31日. (口頭)
  • 阿部貴志. "全地球レベルの環境微生物多様性を把握・俯瞰するための新規情報学的手法の開発", 静岡大学GPLバイオサイエンスセミナー, 2011年6月24日 (静岡大学) (招待講演).
  • 阿部 貴志，大井 学，上原 啓史，岩崎 裕貴，和田 健之介，池村 淑道. "一括学習型自己組織化マップによるメタゲノム配列群を対象にした環境微生物群集構造推定法の開発", 第34回日本分子生物学会年会 2011年12月14日 (横浜)　（口頭・ポスタ）
  • 岩崎 裕貴，池村 淑道，和田 健之介，伊藤 正恵，阿部 貴志. "A novel bioinformatics strategy to investigate sequence characteristics in influenza virus genomes related with their host-adaptation mechanisms", 第34回日本分子生物学会年会 2011年12月14日 (横浜)　（口頭・ポスタ）
  • 阿部 貴志，池村 淑道，小原 康雄，木ノ内 誠，金谷 重彦，菅原 潤一，金井 昭夫，山田 優子，武藤 あきら，井口 八郎. "tRNADB-CE: エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース", 第34回日本分子生物学会年会 2011年12月14日 (横浜)　（ポスタ）
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2012年†

  • 中尾亮, 阿部貴志, 山本正悟, Nijhof Ard, Jongejan Frans, 池村淑道, 杉本千尋. "メタゲノム解析によるマダニ保有微生物叢の検索", 感染症若手フォーラム　2012年2月2-4日 (長崎) (口頭)
  • 中尾亮, 阿部貴志, 山本正悟, Nijhof Ard, Jongejan Frans, 池村淑道, 杉本千尋. "BLSOM法による生物系統推定のマダニメタゲノム解析への応用", 第18回リケッチア研究会 2012年2月12日 (大阪) (口頭)
  • 岩崎裕貴, 阿部貴志, 和田健之介, 伊藤正恵, 池村淑道. "新規情報学的戦略を用いた膨大な量のインフルエンザウイルスゲノムからの特徴抽出", 第6回日本ゲノム微生物学会年会 2012年3月10日 (東京) (ポスタ)
  • 岩崎裕貴, 阿部貴志, 小林佳史, 三宅雄大, 馮麗利, 山田優子, 武藤あきら, 井口八郎, 池村淑道. "tRNADB-CEで公開した全tRNA遺伝子を対象にした自己組織化マップ解析", 第6回日本ゲノム微生物学会年会 2012年3月10日 (東京) (口頭・ポスタ)
  • 馬場知哉, 阿部貴志, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 伊村智, 神田啓史, 本山秀明, 仁木宏典. "南極大陸Pseudomonas属細菌のゲノム特性", 第6回日本ゲノム微生物学会年会 2012年3月10日 (東京) (口頭・ポスタ)
  • 阿部貴志, 中田俊芳, 佐藤修正, 平川英樹, 近藤昭宏, 杉本千尋, 池村淑道, 松井和彦. "メタゲノム解析による活性汚泥中の微生物群集構造の解明", 第6回日本ゲノム微生物学会年会 2012年3月10日 (東京) (口頭・ポスタ)
  • 中尾亮, 阿部貴志, 山本正悟, Nijhof Ard, Jongejan Frans, 池村淑道, 杉本千尋. "マダニ保有微生物叢の解明へ向けたメタゲノム解析技術の応用", 第81回日本寄生虫学会大会　2012年3月23-24日 (兵庫) (口頭)
  • 林田京子, 阿部貴志, 中尾亮, 伊藤公人, 梶野喜一, 鈴木穣, Frans Jongejan, Dirk Geysen, William Weir, 杉本千尋. "次世代ゲノム解析によるタイレリアパルバ原虫遺伝的多様性の解明", 第81回日本寄生虫学会大会　2012年3月23-24日 (兵庫) (口頭)
  • 中尾亮, 阿部貴志, 山本正悟, Nijhof Ard, Jongejan Frans, 池村淑道, 杉本千尋. "マダニ保有微生物叢の解明へ向けたメタゲノム解析技術の応用", 第153回　日本獣医学会学術集会 2012年3月27-29日 (埼玉)　(口頭)
  • （出前講義）阿部貴志.　"コンピュータで生物の謎を解き明かす", 阿賀黎明高校, 2012年5月18日 (新潟)
  • 岩崎裕貴, 秋葉太貴, 小倉歩, 阿部貴志, 和田健之介, 伊藤正恵, 池村淑道. "RNAウイルスの宿主依存機構を知るための宿主RNAとの類似領域の検出", 第14回日本RNA学会年会　2012年7月18-20日 (仙台) (ポスタ)
  • 阿部貴志, 井口八郎, 木ノ内誠, 金谷重彦, 菅原潤一, 金井昭夫, 山田優子, 武藤昱, 池村淑道. "tRNADB-CE: エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース", 第14回日本RNA学会年会　2012年7月18-20日 (仙台) (ポスタ)
  • 阿部貴志, 金谷重彦, 池村淑道. "一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）を用いたメタゲノム配列に対する系統推定法の開発", 第35回日本分子生物学会年会, 2012年12月11-14日（福岡）（ポスタ）
  • 岩崎裕貴, 阿部貴志, 和田健之介, 伊藤正恵, 池村淑道. "宿主適応に関係したインフルエンザウイルスゲノムの連続塩基組成の解析", 第35回日本分子生物学会年会, 2012年12月11-14日（福岡）（ポスタ）
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2013年†

  • 岩崎裕貴，阿部貴志，和田健之介，和田佳子，池村淑道．"宿主適応に関連したインフルエンザウイルスのgenome signature"，第7回日本ゲノム微生物学会年会，2013年3月8-10日（長浜）（口頭＆ポスタ）
  • 大黒健二，田村直奈美，南部隆之，福島久典，阿部貴志，向由紀夫．"アユ冷水病の完全ゲノム配列決定とニジマス冷水病菌との比較ゲノム解析"，第7回日本ゲノム微生物学会年会，2013年3月8-10日（長浜）（ポスタ）
  • 池村淑道，岩崎裕貴，三宅雄大，和田健之介，和田佳子，山田優子，武藤あきら，井口八郎，阿部貴志．"BLSOMを利用したtRNA遺伝子の特徴抽出"，第7回日本ゲノム微生物学会年会，2013年3月8-10日（長浜）（口頭＆ポスタ）
  • 小倉歩，馮麗利，岩崎裕貴，阿部貴志，和田健之介，和田佳子，池村淑道．"RNAウイルスと宿主因子の相互作用を検出するための手法の開発"，第7回日本ゲノム微生物学会年会，2013年3月8-10日（長浜）（口頭＆ポスタ）
  • 中尾亮，阿部貴志，山本正悟，Nijhof Ard，Jongejan Frans，池村淑道，杉本千尋．"BLSOM解析を利用したマダニ媒介性病原体の検索"，第7回日本ゲノム微生物学会年会，2013年3月8-10日（長浜）（口頭＆ポスタ）
  • 馬場知哉，阿部貴志，豊田敦，藤山秋佐夫，伊村智，神田啓史，本山秀明，仁木宏典．"南極の好冷性Rhizobium属細菌のゲノム解析"，第7回日本ゲノム微生物学会年会，2013年3月8-10日（長浜）（口頭＆ポスタ）
  • 中井亮祐，阿部貴志，馬場知哉，柳原克彦，伊村智，鹿児島浩，神田啓史，小原雄治，仁木宏典，長沼毅．"南極湖底に広がる「コケ坊主」の共在生物相の網羅的解析"，第7回日本ゲノム微生物学会年会，2013年3月8-10日（長浜）（口頭＆ポスタ）
  • 金田卓馬，池村淑道，阿部貴志．"一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）法と学習ベクトル量子化（LVQ）法を組み合わせた水平伝播候補遺伝子探索法の開発"，第7回日本ゲノム微生物学会年会，2013年3月8-10日（長浜）（口頭＆ポスタ）
  • 菊地亮仁，金谷重彦，池村淑道，阿部貴志．"メタゲノム配列に対する系統推定法のための自己圧縮型BLSOM (一括学習型自己組織化マップ) の開発"，第7回日本ゲノム微生物学会年会，2013年3月8-10日（長浜）（口頭＆ポスタ）
  • 後藤大起，池村淑道，井口八郎，山田優子，武藤あきら，阿部貴志．"tRNA遺伝子データベースtRNADB-CEを活用したtRNA遺伝子予測ワークフローの開発"，第7回日本ゲノム微生物学会年会，2013年3月8-10日（長浜）（ポスタ）
  • 江原千尋，池村淑道，阿部貴志．"一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）解析のための塩基組成を考慮した連続塩基配列組成計算法の確立"，第7回日本ゲノム微生物学会年会，2013年3月8-10日（長浜）（ポスタ）
  • （講習会講師）阿部貴志. "ゲノムアノテーション", 統合データベース講習会：AJASC琉球, 2013年7月30日(沖縄)
  • （出前講義）阿部貴志.　"コンピュータで生物の謎を解き明かす", 新潟東高校, 2013年8月27日 (新潟)
  • 阿部貴志, 後藤大起, 井口八郎, 山田優子, 武藤あきら, 池村淑道. tRNADB-CE: エキスパートがキュレートしたtRNA 遺伝子
    データベースの紹介と分子系統マーカーとしての利用可能性. 第7回ゲノム微生物学会若手の会, 2013年9月19-20日（静岡）(口頭)
  • 吉田朋央, 池村淑道, 阿部貴志. 古細菌ゲノム比較解析によるアミノ酸組成からみた環境適応様式の解明. 第7回ゲノム微生物学会若手の会, 2013年9月19-20日（静岡）(ポスタ)
  • 高橋慎司, 高妻篤史, 渡邊一哉, 池村淑道, 阿部貴志. メタゲノム配列群を対象にした環境微生物群集構造推定法の開発. 第7回ゲノム微生物学会若手の会, 2013年9月19-20日（静岡）(ポスタ)
  • 舩山俊介, 金田卓馬, 池村淑道, 阿部貴志. 相対エントロピーによる水平伝播候補領域予測法の開発. 第7回ゲノム微生物学会若手の会, 2013年9月19-20日（静岡）(ポスタ)
  • （出前講義）阿部貴志.　"コンピュータで生物の謎を解き明かす", 福島県立白河高校, 2013年9月26日 (福島)
  • 菊地亮仁, 金谷重彦, 池村淑道, 阿部貴志. メタゲノム配列に対する系統推定法のための自己圧縮型BLSOM(一括学習型自己組織化マップ)の開発. 平成25年度電子情報通信学会信越支部大会, 2013年10月5日（口頭）
  • （出前講義）阿部貴志.　"コンピュータで生物の謎を解き明かす", 長野県松本蟻ヶ崎高校, 2013年10月16日 (長野)
  • 岩崎裕貴, 阿部貴志, 和田健之介, 和田佳子, 米沢弘毅, 池村淑道. インフルエンザウイルスゲノムの宿主に依存したgenome signatureの変化方向の検出及び変化予測を行うための新規情報解析. 第61回日本ウイルス学会学術集会, 2013年11月10日（神戸）（ポスタ）
  • 金田卓馬, 岩崎裕貴, 池村淑道, 阿部貴志. 一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）法と学習ベクトル量子化（LVQ）法を組み合わせたインフルエンザウイルスゲノムからの特徴抽出. 第61回日本ウイルス学会学術集会, 2013年11月10日（神戸）（ポスタ）
  • Takashi Abe, Hachiro Inokuchi, Yuko Yamada, Akira Muto and Toshimichi Ikemura. tRNADB-CE: tRNA gene database curated manually by experts. 第36回日本分子生物学会年会, 2013年12月3日（神戸）（ポスタ）
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2014年†

  • 馬場知哉, 阿部貴志, 豊田敦, 中井亮佑, 長沼毅, 藤山秋佐夫, 伊村智, 神田啓史, 本山秀明, 仁木宏典. 北極・南極Pseudomonas属細菌レベルでの低温環境適応. 第8回日本ゲノム微生物学会年会2014年3月7日（東京）（口頭）
  • 市川圭介, 池村淑道, 阿部貴志. 環境微生物群集の地球レベルでの俯瞰的把握に向けた海洋メタゲノム配列を対象にした比較解析. 第8回日本ゲノム微生物学会年会, 2014年3月7日（東京）（ポスタ）
  • 大蔵徳丸, 池村淑道, 阿部貴志. 一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）を用いたタンパク質機能推定システムの開発. 第8回日本ゲノム微生物学会年会, 2014年3月7日（東京）（ポスタ）
  • 熊谷鷹佑, 阿部貴志, 中田俊芳, 佐藤修正, 平川英樹, 近藤昭宏, 池村淑道, 松井和彦. メタゲノム解析による活性汚泥中に生息する有用な微生物の探索. 第8回日本ゲノム微生物学会年会, 2014年3月7日（東京）（ポスタ）
  • 原田月史, 池村淑道, 阿部貴志. 配列位置情報を考慮した塩基組成計算法による機能性RNAからの特徴抽出. 第8回日本ゲノム微生物学会年会, 2014年3月7日（東京）（ポスタ）
  • 近藤昭宏，阿部貴志，平川英樹，池村淑道．メタゲノム解析による活性汚泥中に生息する有用な微生物の探索．第14回 環境技術学会研究，2014年9月4 – 5日（京都）（口頭）
  • 阿部貴志. メタゲノム解析を活用した新規微生物群の効率的な探索. 第157回日本獣医学会学術集会, 2014年9月11日 (札幌)（招待講演）
  • Ryo Nakao, Yongjin Qiu, Takashi Abe, Toshimichi Ikemura and Chihiro Sugimoto. Metagenomic approaches to identify potential pathogens in ticks. 日本遺伝学会第86回大会, 2014年9月17-19日（長浜）（口頭）
  • 岩崎裕貴, 阿部貴志, 和田佳子, 和田健之介, 池村淑道. ビッグデータ時代の集団進化遺伝学・ゲノム研究のための教師なし学習解析. 日本遺伝学会第86回大会, 2014年9月17-19日（長浜）（口頭）
  • 阿部貴志, 中田俊芳, 熊谷鷹佑, 佐藤修正, 平川英樹, 近藤昭宏, 杉本千尋, 池村淑道, 松井和彦. メタゲノム解析による活性汚泥中に生息する有用な微生物の探索. 日本遺伝学会第86回大会, 2014年9月17-19日（長浜）（口頭）
  • 石田恭平, 阿部貴志. 自動クラスタ抽出法のメタゲノム配列解析への応用. 第8回日本ゲノム微生物学会若手の会, 2014年9月28-29日（静岡）（ポスタ）
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2015年†

  • 馬場知哉，阿部貴志，豊田敦，中井亮佑，長沼毅，藤山秋佐夫，伊村智，神田啓史，本山秀明，仁木宏典．南極の湖沼生物圏における遺伝子の水平伝播ワールド．第9回日本ゲノム微生物学会年会，2015年3月６-８日（神戸）（口頭）
  • 石田恭平，阿部貴志．自動クラスタ抽出法のメタゲノム配列解析への応用．第9回日本ゲノム微生物学会年会，2015年3月６-８日（神戸）（ポスタ）
  • 菊池亮仁，金谷重彦，池村淑道，阿部貴志．大規模ゲノム解析のための自己圧縮BLSOMの開発．第9回日本ゲノム微生物学会年会，2015年3月６-８日（神戸）（ポスタ）
  • 吉田朋央，池村淑道，阿部貴志．極限環境適応における微生物ゲノムの進化過程の解明．第9回日本ゲノム微生物学会年会，2015年3月６-８日（神戸）（ポスタ）
  • 舩山俊介，中尾亮，杉本千尋，阿部貴志．相対エントロピーによる水平伝播候補領域検出法の開発．第9回日本ゲノム微生物学会年会，2015年3月６-８日（神戸）（ポスタ）
  • 佐藤研朗，池村淑道，阿部貴志．BLSOMによるメタゲノム配列群集からのウイルスゲノム検出法の開発．第9回日本ゲノム微生物学会年会，2015年3月６-８日（神戸）（ポスタ）
  • 松本光司，菊池亮仁，池村淑道，阿部貴志．自己圧縮BLSOM（一括学習型自己組織化マップ）による水平伝播領域検出法の開発．日本遺伝学会第87回大会，2015年9月24-26日（仙台）（口頭）
  • 五十嵐諒，池村淑道，阿部貴志．オリゴペプチド組成類似性に基づく機能未知のタンパク質の機能推定法の確立．日本遺伝学会第87回大会，2015年9月24-26日（仙台）（口頭）
  • 佐藤研朗，池村淑道，阿部貴志．メタゲノム配列群集からのウイルスゲノムの検出と系統推定手法の開発．第38回日本分子生物学会年会，2015年12月1-4日（神戸）（ポスタ）
  • 矢坂拓，阿部貴志，城石俊彦，高田豊行．マウスを用いたRNA編集様式の亜種間差探索に向けた遺伝子発現解析．第38回日本分子生物学会年会，2015年12月1-4日（神戸）（ポスタ）
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2016年†

  • 阿部貴志，中道真喜，吉田惇一郎，仁木宏典，馬場知哉．BLSOM解析による微生物の南極環境への適応戦略の解明．第10回日本ゲノム微生物学会年会，2016年3月4日～５日（東京）（口頭）
  • Tomoya Baba, Takashi Abe, Atsushi Toyoda, Ryosuke Nakai, Takeshi Naganuma, Asao Fujiyama, Satoshi Imura, Hiroshi Kanda, Hideaki Motoyama, Hironori Niki. Environmental adaptation of polar bacteria; 'To be, or not to be frozen'. 第10回日本ゲノム微生物学会年会，2016年3月4日～５日（東京）（ポスタ）
  • 石田恭平，池村淑道，阿部貴志．メタゲノム配列群からの自動クラスタ抽出法の開発．第10回日本ゲノム微生物学会年会，2016年3月4日～５日（東京）（ポスタ）
  • 中尾亮，邱永晋，木下豪太，Thu May J.，阿部貴志，片倉賢，杉本千尋．高速遺伝子解析技術によるマダニ保有微生物の探索．第85回日本寄生虫学会大会，2016年3月18日～20日（宮崎）（口頭）
  • 阿部貴志．A bioinformatics analysis for efficient knowledge discovery from big sequence data with BLSOM．第89回日本細菌学会総会，2016年3月23日～25日（大阪）（口頭，招待講演）
  • 高田 豊行，近藤 伸二，矢坂 拓，阿部 貴志，清澤 秀孔，鈴木 穣，豊田 敦，藤山 秋佐夫，城石 俊彦．エネルギー代謝表現型の亜種間差に関わる遺伝子発現動態の探索．日本遺伝学会第88回大会，2016年9月7日～9日（三島）（口頭）
  • 藤元一哉、金田卓馬、阿部貴志. 一括学習型自己組織化マップ法と学習ベクトル量子化法を組み合わせたBLSOM-LVQ法によるインフルエンザのセグメント交換過程の解明. 第64回日本ウイルス学会学術総会，2016年10月23-25日（札幌）（ポスタ）．
  • 阿部貴志．名古屋大学大学院医学系研究科・医学部医学科「オミクス解析学プログラム」非常勤講師，2016年11月1日．
  • 阿部貴志．平成28年度 新潟大学高度技術研修 「統計ソフトウェア「R」を活用したデータ分析コース」，2016年11月（講師）．
  • 小川優大, 菊池亮仁，池村淑道，阿部貴志. 自己圧縮BLSOM (SC-BLSOM) を活用したメタゲノム配列に対する生物系統推定システムの開発. 第39回日本分子生物学会年会，2016年11月30日～12月2日（横浜）（ポスタ）
  • 齋藤英司，池村淑道，山田優子，武藤あきら，井口八郎，阿部貴志. tRNA遺伝子データベースtRNADB-CEを活用した予測システムの開発. 第39回日本分子生物学会年会，2016年11月30日～12月2日（横浜）（ポスタ）
  • 馬場知哉，阿部貴志，豊田敦，中井亮佑，長沼毅，藤山秋佐夫，神田啓史，本山秀明，伊村智，仁木宏典．南極にみる遺伝子の水平伝播ワールド．第39回日本分子生物学会年会，2016年11月30日～12月2日（横浜）（口頭）
  • 阿部貴志．連続塩基組成に基づくウイルスゲノムの多様性の解明．第1回内在性ウイルス様エレメント研究会, 2016年12月16日（京都）（招待講演）
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2017年†

  • 阿部貴志．連続塩基組成に基づくメタゲノム配列群からの微生物叢の解明．研究集会「ビッグデータ時代のマイクロバイオームの進化研究」，2017年2月27日（長浜）（口頭）
  • 小川優大, 阿部貴志. SC-BLSOMを活用したメタゲノム配列に対する系統推定法の開発．研究集会「ビッグデータ時代のマイクロバイオームの進化研究」，2017年2月27日（長浜）（口頭）
  • 藤田由剛，阿部貴志．SC-BLSOMに基づく水平伝播候補領域検出法に関する考察と蚊ゲノムへの適用．研究集会「ビッグデータ時代のマイクロバイオームの進化研究」，2017年2月27日（長浜）（口頭）
  • 藤元一哉，阿部貴志，半教師あり機械学習法を活用したインフルエンザウイルスゲノムからの特徴抽出．研究集会「ビッグデータ時代のマイクロバイオームの進化研究」，2017年2月27日（長浜）（口頭）
  • 齋藤英司，阿部貴志．専門家の経験と知識を組み込んだtRNA遺伝子予測システムの開発．研究集会「ビッグデータ時代のマイクロバイオームの進化研究」，2017年2月27日（長浜）（口頭）
  • 田中悠太郎，阿部貴志．一括学習型自己組織化マップのGPU環境での実装とその考察. 研究集会「ビッグデータ時代のマイクロバイオームの進化研究」，2017年2月27日（長浜）（口頭）
  • 赤澤優，阿部貴志，仁木宏典，馬場知哉. 遺伝子の水平伝播とアミノ酸組成からみた微生物の南極環境への適応戦略の解明. 第11回日本ゲノム微生物学会年会，2017年3月2-4日（藤沢）（ポスタ）
  • 五十嵐諒，池村淑道，阿部貴志. 連続アミノ酸組成の類似性に基づくタンパク質機能推定システムの開発. 第11回日本ゲノム微生物学会年会，2017年3月2-4日（藤沢）（ポスタ）
  • 佐藤研朗, 池村淑道, 阿部貴志. メタゲノム配列群集からのウイルス叢解明手法の開発. 第11回日本ゲノム微生物学会年会，2017年3月2-4日（藤沢）（ポスタ）
  • 松本光司，菊池亮仁，中尾亮，杉本千尋，池村淑道，阿部貴志. マダニの共生関係に着目した水平伝播候補領域の検出.
    第11回日本ゲノム微生物学会年会，2017年3月2-4日（藤沢）（ポスタ）
  • 馬場一郎，池村淑道，阿部貴志．一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）を用いた比較ゲノム解析システムの開発．第11回日本ゲノム微生物学会年会，2017年3月2-4日（藤沢）（ポスタ）
  • 阿部貴志．機械学習を活用したゲノムビッグデータからの知識発見，第１回新潟大学シーズプレゼンテーション，2017年4月19日（東京）（招待講演）．
  • 阿部貴志．日本寄生虫学会主催　サイエンスカフェ「観て, 触って, 知ろう　身近な微生物 と その研究者！」展示，2017年5月27日（札幌）
  • 阿部貴志．出前講義，新潟明訓高等学校，2017年6月21日（新潟）
  • 阿部貴志．JSTイノベーションジャパン　展示，2017年8月31日～9月1日(東京)
  • 阿部貴志．シニア研究者の専門知識を活用したtRNA遺伝子データベースtRNADB-CEの運用．日本遺伝学会第89回大会，2017年9月13日（岡山市）（口頭，招待）
  • 阿部貴志．ゲノムデータからの効率的な知識発見に向けた一括学習型自己組織化マップの活用．第27回日本数理生物学会年会，2017年10月6日（札幌市）（口頭，招待）
  • 田中悠太郎, 阿部貴志．大規模計算のための一括学習型自己組織化マップの高速化とアクセラレータに対する性能評価．平成29年度電子情報通信学会信越支部大会，2017年10月7日（長野市）（口頭）
  • 阿部貴志．ビッグデータ時代のデータ分析の実践 ～統計分析や機械学習を上手く活用しよう～．IoT/ビッグデータ研修会　講師　2017年11月21日（新潟）
  • 馬場知哉，阿部貴志．フォーラム「“遺伝子の水平伝播”とは何か？」オーガナイザー．2017年度生命科学系学会合同年次大会，2017年12月6日（神戸）
  • 阿部貴志，中尾亮，杉本千尋．一括学習型自己組織化マップに基づく水平伝播候補遺伝子の探索法の開発．2017年度生命科学系学会合同年次大会（神戸，2017年12月8日，口頭/ポスタ）
  • 赤澤優，阿部貴志，仁木宏典，馬場知哉．南極大陸から単離された細菌における種固有な低温適応戦略の解明．2017年度生命科学系学会合同年次大会（神戸，2017年12月8日，ポスタ）
  • 藤田由剛，平川英樹，阿部貴志．植物ゲノムからの微生物由来水平伝播候補遺伝子の網羅的な検出．2017年度生命科学系学会合同年次大会（神戸，2017年12月8日，ポスタ）
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2018年†

  • 小川優大，池村淑道，阿部貴志．自己圧縮BLSOM (SC-BLSOM)を用いた連続塩基組成に基づくメタゲノム解析法の確立．第12回日本ゲノム微生物学会年会，2018年3月5日（京都）（ポスタ）
  • 藤元一哉，五十嵐学，阿部貴志．BLSOMに追加学習を組み合わせたBLSOM＋LVQによるインフルエンザウイルスのセグメント交換の検出手法の開発．第12回日本ゲノム微生物学会年会，2018年3月5日（京都）（ポスタ）
  • 馬場一郎，阿部貴志．比較ゲノム解析のためのBLSOM Viewerの開発．第12回日本ゲノム微生物学会年会，2018年3月5日（京都）（ポスタ）
  • 齋藤英司，池村淑道，山田優子，武藤あきら，井口八郎，阿部貴志．tRNA専門家の知見を組み込んだtRNA遺伝子予測システムの開発．第12回日本ゲノム微生物学会年会，2018年3月5日（京都）（ポスタ）
  • 阿部貴志．ゲノムデータベース、ゲノムアノテーション，統合データベース講習会AJACS越後，2018年6月23日（新潟）（講師）
  • 阿部貴志．ウイルスゲノムの連続塩基組成を活用した効率的な知識発見，進化学会第20回大会，2018年8月23日（東京）（口頭，招待講演）
  • 阿部貴志．微生物ゲノムとメタゲノムからの効率的な知識発見に向けて，木村資生記念 第2回進化学セミナー，2018年9月3日（東京）（講師）
  • 赤澤優，阿部貴志，馬場知哉．一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）による南極微生物からの水平伝播候補遺伝子検出．第7回生命医薬y情報学連合大会，2018年9月19日～21日（鶴岡）（ポスタ）
  • 阿部貴志, 斉藤英司, 後藤大起, 池村淑道, 山田優子, 武藤昱, 井口八郎. tRNADB-CE：エキスパートがキュレートしたtRNA遺伝子データベース. トーゴーの日シンポジウム2018, 2018年10月5日（ポスタ）poster.
  • 伊藤良祐，日比野亮信，田邊郁望，小田切崇，阿部貴志，斉藤玲子．2012年から2017年にかけての日本国内におけるRSウイルスに対する系統地理的解析．第66回日本ウイルス学会学術集会，2018年10月28～30日（京都）（ポスタ）
  • 赤澤優，阿部貴志，仁木宏典，馬場知哉．遺伝子の水平伝播とアミノ酸組成変化に基づく南極細菌の種固有な低温適応戦略の解明．第41回日本分子生物学会年会，2018年11月28～30日，（横浜）（ポスタ）
  • 井田恭輔，阿部貴志．tRNA予測システムのアプリケーション化．第9回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ研究交流会，2018年12月19日（新潟）（ポスタ）
  • 五十嵐悠貴，阿部貴志．X-means法を利用したメタゲノム配列群から微生物由来のクラスタの検出．第9回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ研究交流会，2018年12月19日（新潟）（ポスタ）
  • 小竹正人，阿部貴志．教師あり機械学習による生物系統の推定．第9回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ研究交流会，2018年12月19日（新潟）（ポスタ）
  • 柳田俊介，阿部貴志．tRNA の系統特異性の検出．第9回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ研究交流会，2018年12月19日（新潟）（ポスタ）
  • 久代健太，阿部貴志．浴槽中の微生物叢の解明に向けた解析システムの開発．第9回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ研究交流会，2018年12月19日（新潟）（ポスタ）
  • 伊藤朔，阿部貴志．配列モチーフ検出法の開発．第9回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ研究交流会，2018年12月19日（新潟）（ポスタ）
  • 松田直也，阿部貴志．ウイルス種における連続塩基組成に基づく宿主特異性の解明．第9回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ研究交流会，2018年12月19日（新潟）（ポスタ）
  • 目黒幸輝，阿部貴志．微生物の生態・遺伝子機能のデータを扱ったゲームアプリの提供によるバイオインフォマティクスへの招待．第9回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ研究交流会，2018年12月19日（新潟）（ポスタ）
    • 第9回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ優秀賞
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2019年†

  • 小竹正人，阿部貴志．教師あり機械学習による連続塩基組成に基づいた生物系統推定手法の開発．データサイエンティスト育成シンポジウム，2019年1月25日（新潟）（ポスタ）
  • 久代健太，阿部貴志．水質検査への微生物叢情報の活用に向けて.データサイエンティスト育成シンポジウム，2019年1月25日（新潟）（ポスタ）
  • 近藤昭宏，谷崎三郎，堀江怜平，山本司，林　賢一，亀井加恵子，阿部貴志．浴槽水中のレジオネラ属菌およびアメーバのメタゲノム解析．第49回滋賀公衆衛生学会，2019年2月23日（滋賀）（口頭）
  • 赤澤優，阿部貴志，仁木宏典，馬場知哉．南極コケ坊主由来Sphingomonas属細菌2種の環境適応に関する比較ゲノム解析．第13回日本ゲノム微生物学会年会，2019年3月6 – 8日（東京）（口頭）
  • 藤田由剛，平川英樹，池村淑道，阿部貴志．連続塩基組成に基づく植物ゲノムにおける微生物由来水平伝播候補遺伝子の網羅的検出．第13回日本ゲノム微生物学会年会，2019年3月6 – 8日（東京）（ポスタ）
  • 久代健太，阿部貴志，谷崎三郎，近藤昭宏．メタ16S解析による浴槽中の微生物叢の解明．第13回日本ゲノム微生物学会年会，2019年3月6 – 8日（東京）（ポスタ）
  • 柳田俊介，井口八郎，武藤昱，山田優子，池村淑道，阿部貴志．tRNA 遺伝子の系統特異性の検出．第13回日本ゲノム微生物学会年会，2019年3月6 – 8日（東京）（ポスタ）
  • 松田直也, 阿部貴志. ウイルスゲノムの連続塩基組成に基づく宿主特異性の解明. IIBMP2019(日本バイオインフォマティクス学会2019年年会，第8回生命医療情報学連合大会), 2019年9月9 - 11日（東京）（ポスタ）
  • 伊藤朔，五十嵐学，阿部貴志．ウイルスタンパク質アミノ酸配列に対するShort Linear Motif検出法の開発．IIBMP2019(日本バイオインフォマティクス学会2019年年会，第8回生命医療情報学連合大会), 2019年9月9 - 11日（東京）（ポスタ）
  • 小竹正人，阿部貴志．教師あり機械学習を用いた生物系統の推定．2019年度電子情報通信学会信越支部大会，2019年9月28日（長岡）（口頭）
  • Takashi Abe, Yu Akazawa, Tomoya Baba, Toshimichi Ikemura. An AI strategy for detecting HGT relies on nucleotide compositional features. 第42回日本分子生物学会年会，2019年12月4日(福岡)（招待講演）
  • 矢崎堅太郎，阿部貴志．ゲノム配列に対するDPGMMの有効性の検討．第10回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ研究交流会，2019年12月10日（新潟）（ポスタ）
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2020年†

  • 伊藤朔，五十嵐学，阿部貴志．アミノ酸配列の位置情報行列に基づくShort Linear Motif検出法の開発．第14回日本ゲノム微生物学会年会，2020年3月6日（名古屋）（ポスタ）
  • 久代健太，阿部貴志，谷崎三郎, 堀江怜平, 近藤昭宏．メタ16S/18S解析による浴槽中の微生物叢の解明．第14回日本ゲノム微生物学会年会，2020年3月6日（名古屋）（ポスタ）
  • 矢﨑堅太郎，阿部貴志．DPGMMを用いたメタゲノム配列クラスタリング法の検討．2020年度電子情報通信学会信越支部大会，2020年9月27日．（オンライン）（口頭）
  • 寺口光樹，柄沢直之，阿部貴志，林隆史，中野敬介. 情報フローティングを用いたセンサネットワークの情報蓄積性能の実験的評価．令和2年度（第30回）電気学会東京支部新潟支所研究発表会予稿集，NGT-20-040，2020年10月31日．（オンライン）（口頭）
  • 古川流輝，阿部貴志．ゲノムデータにおけるGrowing SOMの有効性の検討．第11回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ研究交流会，2020年12月11日．（ポスタ）
  • 宮一昇平，阿部貴志．LDA(線形判別分析)によるコロナウイルスゲノム解析から、ヒトへ感染しやすいウイルスの型や変異の検出を目指して．第11回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ研究交流会，2020年12月11日．（ポスタ）
  • 鎌田 大吾，阿部 貴志，林 隆史．MQTTBrokerのための汎用的な負荷分散アーキテクチャの検討. 信学技報, vol. 120, no. 297, NS2020-89, pp. 12-16, 2020年12月17日．（オンライン）（口頭）
  • 小田健太郎, 阿部貴志, 林隆史. メッセージングネットワークを用いたマルチフォーマット・マルチプロトコルな情報基盤. 信学技報, vol 120, no. 297, NS2020-88, pp. 7-11, 2020年12月17日．（オンライン）（口頭）
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2021年†

  • 矢﨑堅太郎，阿部貴志．ディリクレ過程混合ガウスモデルを用いたメタゲノム配列クラスタリング法の開発．第66回バイオ情報学研究会，2021-BIO-66, No.24, 1-6, 2021年6月30日. (オンライン)（口頭）
  • 阿部貴志．バイオインフォマティクスによる新型コロナウイルス研究への貢献を目指して ．筑波大学C-AIR・新潟大学BDA連携キックオフシンポジウム，2021年9月27日．（オンライン）（招待講演）
  • 阿部貴志．SARS-CoV-2ゲノムのネットワーク解析．2021年日本バイオインフォマティクス学会年会・第10回生命医薬情報学連合大会，2021年9月27日．（オンライン）（招待講演）
  • 古川 流輝，阿部 貴志．新型コロナウイルスゲノムに対する地域流行株の検出に向けた階層成長型自己組織化マップの開発．第44回日本分子生物学会年会，2021年12月1日．（オンライン）（ポスタ）
  • 宮一 昇平，阿部 貴志．教師あり機械学習を活用した新型コロナウイルス分岐群の特徴検出．第44回日本分子生物学会年会，2021年12月1日．（オンライン）（ポスタ）
  • 前田 幸一，阿部 貴志．教師あり機械学習による環境メタゲノム配列からのウイルス探索．第44回日本分子生物学会年会，2021年12月1日．（オンライン）（ポスタ）
  • 内藤舞，阿部貴志．南極由来Rhodoferax属細菌の水平伝播遺伝子探索による低温環境適応と進化の解明．電子情報通信学会新潟大学生ブランチ研究発表会，2021年12月9日．（オンライン）（ポスタ）
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2022年†

  • 池村淑道，岩﨑裕貴，和田健之介，和田佳子，阿部貴志．教師無し説明可能型AIを用いた比較ゲノム解析：ヒトとコウモリゲノムを中心に．日本遺伝学会第94回大会，2022年9月15日．（札幌）（口頭）
  • 岩﨑裕貴，植田美優，大石奈津季，阿部貴志，池村淑道．宿主細胞環境への適応に関連したコロナウイルスゲノムの特徴抽出．第45回日本分子生物学会年会，2022年12月2日．（千葉）（ポスタ）
  • 杵鞭龍之介，五十嵐学，阿部貴志．TransformerによるShort Linear Motif(SLiM)を保有するタンパク質の探索．第45回日本分子生物学会年会，2022年11月30日．（千葉）（ポスタ）
  • 宮一昌平，阿部貴志．機械学習を活用した新型コロナウイルス分岐群の形成過程の解明．第45回日本分子生物学会年会，2022年12月2日．（千葉）（ポスタ）
  • 川井良哉，田村務，渡部久実，齋藤玲⼦，阿部貴志．新潟における新型コロナウイルスのゲノム疫学調査．第45回日本分子生物学会年会，2022年12月2日．（千葉）（ポスタ）
  • 前田幸一，阿部貴志．環境メタゲノム配列からのウイルスゲノムの網羅的探索．第45回日本分子生物学会年会，2022年12月2日．（千葉）（ポスタ）
  • 古川流輝，阿部貴志．新型コロナウイルスゲノムの体系化と地域流行株の検出．第45回日本分子生物学会年会，2022年12月2日．（千葉）（ポスタ）
  • 内藤舞，阿部貴志，馬場知哉．南極由来Rhodoferax属細菌のゲノム比較による水平伝播遺伝子の探索．第45回日本分子生物学会年会，2022年12月2日．（千葉）（ポスタ）
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2023年†

  • 奥長正基，久代健太，井畑綾乃，堀江怜平，近藤昭宏，阿部貴志．浴槽水中のレジオネラ属菌とその微生物叢の多様性の関係．第17回日本ゲノム微生物学会，2023年3月8～10日（木更津，日本）（口頭）
  • 阿部貴志，Dewa Rasmika Dewi, 志波優, 鈴木治夫.Urban microbiome：新潟県における微生物多様性調査．第17回日本ゲノム微生物学会，2023年3月8～10日（木更津，日本）（ポスタ）