新川雄也_タンパク質構造予測 の履歴(No.1)

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  • 1 (2010-05-13 (木) 04:40:54)

動画一覧

309028 新川雄也さんのデータより

タンパク質構造予測†

タンパク質構造予測　説明1†

タンパク質構造予測とは、現在の構造予測研究の最先端の物理化学とバイオインフォマティクスを融合させて，これまでに蓄積してきた物理化学の側面と情報学の側面を巧みに活用し,与えられたアミノ酸配列をもつタンパク質が生体内でとる三次元立体構造を理論的に予測する.場合によってはX 線構造と同レベルの予測が可能になり実用化されるとともに，タンパク質の構築原理を理解するための基礎研究の一つとなっている．この分野の現状は，1994 年以降2 年に一度行われている構造予測技術評価会議CASP（Critical Assessment of Techniques for Protein Structure Prediction）の結果から非常によく概観できる．



http://theory.biophys.kyoto-u.ac.jp/pdf/park05_jsai20_casp6.pdf

タンパク質構造予測　説明2†

配列空間はほとんど無限であり、20 種類のアミノ酸を200残基つなげて作るタンパク質の配列数は天文学的な数となる．しかし，実在するタンパク質の三次構造の大まかな形（フォールド）のバリエーションには限りがあり，フォールドはアミノ酸配列の変異に対して保守的であると考えられている．進化的に類縁関係にある二つのタンパク質は相同タンパク質と呼ばれ，類似する立体構造と生化学的機能を保っている．遠縁タンパク質の配列類似度は，しばしば30%以下の同一残基率であり，フォールドは保存されているが，局所構造の変異によって異なる機能を発現する場合が多い．一般に，構造未知のタンパク質に対して，それと有意な配列類似性をもつ既知構造タンパク質が見つけられれば，未知タンパク質についての構造予測はその既知構造タンパク質を鋳型として進めることができる．



http://theory.biophys.kyoto-u.ac.jp/pdf/park05_jsai20_casp6.pdf

動画†

PDBjを使ってタンパク質の立体構造を調べる

PDBｊを使用して検索したタンパク質の立体構造の調べ方が分かりやすく説明されている。

Jpredを使ってタンパク質の二次構造予測をする

ロドプシンのアミノ酸配列を使ってタンパク質の二次構造予測を説明しています。

RCBS PDBを使ってタンパク質の立体構造を調べる

この動画ではオプシンを例として「タンパク質の立体構造を調べる」という基本的な利用方法を解説するほか、PDBファイルをダウンロードせずに内容を参照したり、ブラウザ上で構造を確認する方法を解説しています。

RCBS PDBを使って立体構造の特集記事を読む

この動画では、"Molecule of the Month"の読み方や、過去記事の閲覧方法、PSI (Protein Structure Initiative) やその他の特集記事も紹介しています。

DBAliを使ってタンパク質の構造アラインメントを行う

DBAiを駆使したタンパク質の構造アライメントの過程が説明されている。

PyMOLを使ってタンパク質の構造を見る

PyMOLの使い方(基本編)とMacへのインストール方法を解説しています。

NCBIの構造ツールを使いこなす

ドーパミンD1受容体(Dopamine receptor D1)を例に、NCBI構造系ツール群の使い方を解説しています。

PyMOLを使い倒す

「PyMOLの使い方（応用編）」として、タンパク質の中から条件に合う原子を選択する方法、原子間の距離や角度・二面角を測る方法、アミノ酸を置換する方法を説明しています。

BLASTを使って類似配列を検索する

ヒトのheat shock factorのアミノ酸配列を用いて、Environmental samples(環境DNA)に対して検索を行い、類似した配列を検索しています。

EMBOSS emmaを使い倒す

ヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリーの塩基配列をサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明しています。

画像†

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ページ作成者 nakaizumi