Codon Usage Generator

Bioinformatics Laboratory

Codon Usage Generator (CUG)

本プログラムは,コドン組成を計算するためのソフトウェアです.
お手持ちのCDS塩基配列のFASTAファイルを入力すれば,各種(度数,百分率,千分率,相対コドン頻度(Relative codon frequency),相対同義語コドン頻度(Relative synonymous codon usage)を,入力された全CDSと各CDSについて計算を行い,出力します.
コドン組成の計算は,単一ゲノムの遺伝子配列が格納されたマルチFASTAファイル,もしくは,複数ゲノムのFASTAファイルに対する一括処理も可能です.
出力結果は,CSV形式で保存可能です.

ソフトウェアのダウンロード

ご使用のOSで利用可能なプログラムを以下よりダウンロードください.

利用方法については,READMEファイルをご確認ください.
公開日:2020/4/8
Version: 2.4

更新情報

  1. Version 2.0 の出力結果において,「1st letter GCと3rd letter GCのカウント数と百分率が入れ替わっていた」バグがあったため,修正しました.(2019年1月10日)
  2. Version 2.1の出力結果表示画面において,表示不具合があったため,修正しました.(2019年2月12日)
  3. Version 2.2の出力結果において,【相対コドン頻度(Relative codon frequency)】と【相対同義語コドン頻度(Relative synonymous codon usage)】の計算結果に不具合があったため,修正しました.(2019年11月26日)
  4. Version 2.3の出力結果表示の不具合を修正しました.

参考文献

  1. Kanaya S, Yamada Y, Kudo Y, Ikemura T (1999) Studies of codon usage and tRNA genes of 18 unicellular organisms and quantification of Bacillus subtilis tRNAs: gene expression level and species-specific diversity of codon usage based on multivariate analysis. Gene, 238, 143-155.
  2. Haruo Suzuki, Celeste J. Brown, Larry j. Forney, and Eva M (2008) Comparison of Correspondence Analysis Methods for Synonymous Codon Usage in Bacteria. DNA research, 15, 357-365.
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