PEMS_Soft のバックアップ(No.3)


Bioinformatics Laboratory
BLSOMを用いたメタゲノム配列に対する系統推定

近日公開予定:もうしばらくお待ち下さい。

解析ソフトウェア:PEMS (Phylogenetic Estimation of Metagenomic seuence using BLSOM)

BLSOMを用いたメタゲノム配列に対する生物系統推定解析」をワークフロー化した解析ソフトウェアPEMSを公開しました。ソフトウェアは、マルチFASTA形式の塩基配列ファイルを入力するだけで、300塩基以上の配列データに対し、3段階(Kingdom->Phylum->Genus)での絞り込みによる生物系統推定を実施する(図1)。
出力結果としては、各配列の生物系統推定結果閲覧、各BLSOMマップ上でのマップ結果の閲覧&保存、生物系統推定結果の集計結果を得ることができる。

Fig1

ダウンロード

  • 近日公開予定。もうしばらくお待ち下さい。
  • PCの推奨仕様
    • CPU: Pentium4 2GHz 以上、デュアルコア以上もしくはハイパースレッド
    • Memory: 2GB 以上
    • HDD: 4GB 以上の残容量(スワップ領域は除く)
    • Video: 解像度1280 x 1024 ピクセル以上、色 16ビット以上
  • OS
    • Microsoft Windows 7(64 bit版を推奨)
    • Microsoft .NET Framework 4.0 以上のランタイム
  • 【注意】
    本ソフトウェアは、負荷の高い計算をスレッドで処理することによって、ユーザインターフェースのレスポンスの低下を防いでいる。シングルコアの CPU の場合、本ソフトウェアの画面の再描画やボタンなどの反応が著しく低下する。このため、CPU に関してはデュアルコア以上、もしくは、ハイパースレッド仕様の CPU の利用を推奨する。

http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/
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マニュアル

  • 日本語

更新履歴

開発者

  • 阿部貴志 (1)、和田健之介 (2)、金谷重彦 (3)、池村淑道 (2)
    (1) 新潟大学大学院自然科学研究科/工学部情報工学科
    (2) 長浜バイオ大学
    (3) 奈良先端科学技術大学院大学

参考文献

  1. Takashi Abe, Shigehiko Kanaya, Makoto Kinouchi, Yuta Ichiba, Tokio Kozuki, and Toshimichi Ikemura, Informatics for unveiling hidden genome signatures, Genome Research, 13, 693-702, 2003.
  2. Takashi Abe, Hideaki Sugawara, Makoto Kinouchi, Shigehiko Kanaya, Toshimichi Ikemura, Novel Phylogenetic Studies of Genomic Sequence Fragments Derived from Uncultured Microbe Mixtures in Environmental and Clinical Samples, DNA research, 12, 281-290. 2005.
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