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[[PEMS]]
[[Bioinformatics Laboratory]]
[[BLSOMを用いたメタゲノム配列に対する系統推定>PEMS]]
#contents
*解析ソフトウェア：PEMS (Phylogenetic Estimation of Metagenomic seuence using BLSOM) [#ffa77890]
上述の「BLSOMを用いた生物系統推定解析」をワークフロー化した解析ソフトウェアPEMSを公開しました。
ソフトウェアは、マルチFASTA形式の塩基配列ファイルを入力するだけで、300塩基以上の配列データに対し、３段階（Kingdom->Phylum->Genus）での絞り込みによる生物系統推定を実施します（図４）。
「[[BLSOMを用いたメタゲノム配列に対する生物系統推定解析>PEMS]]」をワークフロー化した解析ソフトウェアPEMSを公開しました。ソフトウェアは、マルチFASTA形式の塩基配列ファイルを入力するだけで、300塩基以上の配列データに対し、３段階（Kingdom->Phylum->Genus）での絞り込みによる生物系統推定を実施します（図４）。
出力結果としては、各配列の生物系統推定結果閲覧、各BLSOMマップ上でのマップ結果の閲覧＆保存、生物系統推定結果の集計結果を得ることができます。
#ref(Fig4.png,left,nowrap,Fig4)
#ref(Fig1.png,left,nowrap,Fig1)
**ダウンロード [#xd179a20]
-[[こちらよりダウンロード下さい>http://133.35.159.24/PEMS_6_6_4.zip]]
-PCの推奨仕様
--CPU: Pentium4 2GHz 以上、デュアルコア以上もしくはハイパースレッド
--Memory: 2GB 以上
--HDD: 4GB 以上の残容量（スワップ領域は除く）
--Video: 解像度1280 x 1024 ピクセル以上、色 16ビット以上
--Network: NCBI データベースにアクセス可能なインターネット環境（任意）
-OS
--Microsoft Windows XP SP2 もしくは Microsoft Windows Vista
--Microsoft .NET Framework 2.0 以上のランタイム
-【注意】
本ソフトウェアは、負荷の高い計算をスレッドで処理することによって、ユーザインターフェースのレスポンスの低下を防いでいる。シングルコアの CPU の場合、本ソフトウェアの画面の再描画やボタンなどの反応が著しく低下する。このため、CPU に関してはデュアルコア以上、もしくは、ハイパースレッド仕様の CPU の利用を推奨する。
[[http://i.creativecommons.org/l/by-nc-nd/3.0/88x31.png>http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/]]
この 作品 は [[クリエイティブ・コモンズ 表示 - 非営利 - 改変禁止 3.0 非移植 ライセンス>http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/]]の下に提供されています。
**マニュアル： [#e7fe1ae1]