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Bioinformatics Laboratory

准教授　阿部　貴志†

新潟大学　研究者総覧
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大学院博士前期課程2年†

伊藤朔
伊藤良祐
久代健太
松田直也

大学院博士前期課程1年†

学部4年生†

過去の在籍者†

平成30年度卒業生†

修士†

赤澤優
- 南極由来細菌における低温適応戦略の解明
田中悠太郎
- 一括学習型自己組織化マップの高速化· 大規模解析化に向けたアルゴリズムの改良
清野吉男
- 単語出現比率に着目した文書極性判定
土田峻
- ハイブリッド照合による類似商標画像検索の改良
藤田由剛
- 水平伝播遺伝子からみた植物ゲノムの多様性獲得過程の解明
山本元気
- 集合写真から顔写真付き名簿を生成するシステムの研究開発
吉田太一
- 文脈情報に着目した未知語の重要度推定

学部†

五十嵐悠貴
- X-means法を利用したメタゲノム配列群からの生物系統由来クラスタの検出
井田恭輔
- tRNA予測システムのアプリケーション化
小竹正人
- 教師あり機械学習による生物系統の推定
目黒幸輝
- 微生物のゲノム情報を利用したゲーム開発によるバイオインフォマティクスへの招待
- 作成ゲームサイト：Microns
- 第9回電子情報通信学会信越支部新潟大学学生ブランチ優秀賞
柳田駿介
- tRNA遺伝子の系統特異性の検出

平成29年度卒業生†

修士†

小川　優大
- 自己圧縮BLSOMを活用したメタゲノム配列に対する生物系統推定手法の開発とその応用
齋藤　英司
- tRNA遺伝子データベースtRNADB-CEの高度化に向けたtRNA専門家の知見を組み込んだtRNA予測手法の開発
馬場　一郎
- 一括学習型自己組織化マップを用いた比較ゲノム解析システムの開発
藤元　一哉
- インフルエンザウイルスゲノムのセグメント交換に着目した進化過程の解明

学部†

植田翔太
- 機械学習を活用したtRNA遺伝子識別法の確立
冨澤広将
- ゲノム配列解析におけるAffinity Propagationの有用性
松田直也
- 連続アミノ酸組成に基づくインフルエンザウイルスゲノム解析
大竹将司
- 連続アミノ酸組成の類似性に基づくタンパク質機能推定Webシステムの開発
伊藤良祐
- 系統地理的解析によるRSウイルスの拡散経路の解明

平成28年度卒業生†

修士†

五十嵐　諒
- 修士論文：連続アミノ酸組成の類似性に基づくタンパク質機能推定システムの開発
佐藤　研朗
- 修士論文：メタゲノム配列群集からのウイルス叢解明手法の開発
松本　光司
- 修士論文：異種共生関係に着目した水平伝播遺伝子候補検出法の開発とその共進化機構の解明
矢坂　拓
- 修士論文：マウス亜種間差解明に向けた遺伝子発現解析

学部†

赤澤　優
- 卒業論文：遺伝子の水平伝播とアミノ酸組成からみた比較ゲノム解析に基づく微生物の南極環境への
  適応戦略の解明
- 平成28年度卒業研究優秀賞受賞
田中　悠太郎
- 卒業論文：一括学習型自己組織化マップのGPU環境での実装とその考察
藤田　由剛
- 卒業論文：SC-BLSOMに基づく水平伝播候補領域検出法に関する考察と蚊ゲノムへの適用
溝口　雅哉
- 卒業論文：連続アミノ酸頻度比較用並列化プログラムの開発とその考察
山田　裕之
- 卒業論文：small RNAの水平伝播から見たダニと共生微生物間の共進化過程の解明

平成27年度卒業生†

修士†

金田　卓馬
- 修士論文：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）法と学習ベクトル量子化（LVQ）法を組み合わせたインフルエンザ
  ウイルスゲノムからの特徴抽出
石田　恭平
- 修士論文：自動クラスタ抽出法の開発とメタゲノム配列解析への適応

学部†

小川　優大
- 卒業研究：自己圧縮BLSOMを用いたメタゲノム配列に対する生物系統推定手法の開発
齋藤　英司
- 卒業研究：tRNADB-CEとtRNA専門家の知識を組み合わせたtRNA遺伝子予測プログラムの開発
中道　真喜
- 卒業研究：南極の湖沼生物圏のBacteroidetes門などを対象とした極限環境適応戦略の解明
藤元　一哉
- 卒業研究：BLSOMに基づいた比較ゲノム解析によるコロナウイルスゲノムの特徴の解明
吉田　惇一郎
- 卒業研究：南極の湖沼生物圏のAlphaproteobacteria綱を対象とした極限環境適応戦略の解明

平成26年度卒業生†

修士†

菊地亮仁
- 修士論文：自己圧縮BLSOM（一括学習型自己組織化マップ）による比較ゲノム解析法の開発
髙橋慎司
- 修士論文：メタゲノム配列からの微生物群集構造抽出法の確立とその応用
舩山俊介
- 修士論文：異種共生関係における遺伝子の水平伝播過程の検出法の確立とその応用
吉田朋央
- 修士論文：極限環境適応における微生物ゲノムの進化過程の解明

学部†

五十嵐諒
- 卒業研究：連続アミノ酸頻度に基づくタンパク質機能推定法の開発
佐藤研朗
- 卒業研究：メタゲノム配列群集からのウイルスゲノム検出法の開発
本間領太
- 卒業研究：tRNA遺伝子データベースtRNADB-CEを活用したtRNA遺伝子予測システムの構築
松本光司
- 卒業研究：比較ゲノム解析による原虫ゲノムの多様性の解明
矢坂拓
- 卒業研究：マウス亜種間における遺伝子発現量比較解析

平成25年度卒業生†

学部†

石田恭平
- 卒業研究：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）クラスタリング結果からの自動クラスタ抽出法の開発
市川圭介
- 卒業研究：環境微生物群集の地球レベルでの俯瞰的把握に向けた海洋メタゲノム配列を対象にした比較解析
大蔵徳丸
- 卒業研究：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）を用いたタンパク質機能推定システムの開発
熊谷鷹佑
- 卒業研究：メタゲノム解析による活性汚泥中に生息する有用な微生物の探索
原田月史
- 卒業研究：配列位置情報を考慮した塩基組成計算法による機能性RNAからの特徴抽出

平成24年度卒業生†

学部†

江原　千尋
- 卒業研究：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）解析のための塩基組成を考慮した連続塩基配列組成計算法の確立
金田　卓馬
- 卒業研究：一括学習型自己組織化マップ（BLSOM）法と学習ベクトル量子化（LVQ）法を組み合わせた水平伝播候補遺伝子探索法の開発
菊地　亮仁
- 卒業研究：自己圧縮型BLSOM (一括学習型自己組織化マップ) の開発
- 平成24年度卒業研究優秀賞受賞
後藤　大起
- 卒業研究：tRNA遺伝子データベースtRNADB-CEを活用したtRNA遺伝子予測ワークフローの開発