Codon Usage Generator の履歴差分(No.2)

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  • 1 (2018-06-29 (金) 01:11:24)
  • 2 (2018-06-29 (金) 01:20:16)
  • 3 (2018-07-02 (月) 03:20:09)
  • 4 (2018-09-05 (水) 03:05:37)
  • 5 (2019-01-10 (木) 04:29:40)
  • 6 (2019-02-12 (火) 09:30:32)
  • 7 (2019-11-26 (火) 10:59:19)
  • 8 (2022-03-31 (木) 15:34:05)

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[[Bioinformatics Laboratory]]

-Codon Usage Generator (CUG)
*Codon Usage Generator (CUG) [#i678b0aa]
本プログラムは，コドン組成を計算するためのソフトウェアです．
お手持ちのCDS塩基配列のFASTAファイルを入力すれば，各種（度数，百分率，千分率，相対コドン頻度（Relative codon frequency），相対同義語コドン頻度（Relative synonymous codon usage））を，
入力された全CDSと各CDSについて計算を行い，出力します．
お手持ちのCDS塩基配列のFASTAファイルを入力すれば，各種（度数，百分率，千分率，相対コドン頻度（Relative codon frequency），相対同義語コドン頻度（Relative synonymous codon usage））を，入力された全CDSと各CDSについて計算を行い，出力します．
出力結果は，CSV形式で保存可能です．

-ソフトウェアのダウンロード
プログラム（CUG[]）をクリックください．
利用については，READMEをご確認ください．
**ソフトウェアのダウンロード [#p7329c55]
プログラム（[[CUG>http://bioinfo.ie.niigata-u.ac.jp/CUG/CUG.zip]]）をクリックください．
利用方法については，READMEファイルをご確認ください．
公開日：2018/06/29
Version: 1.0

-動作環境
**動作環境 [#kc7a082e]
お使いのPCのOSに関係なく動作しますが、Javaで開発しておりますので、Java実行環境であるJRE(Java Runtime Environment)(≧Version 8)のインストールが必須となります。

-参考文献
**参考文献 [#jf817ad8]
+Kanaya S, Yamada Y, Kudo Y, Ikemura T (1999) Studies of codon usage and tRNA genes of 18 unicellular organisms and quantification of Bacillus subtilis tRNAs: gene expression level and species-specific diversity of codon usage based on multivariate analysis. Gene, 238, 143-155.
+Haruo Suzuki, Celeste J. Brown, Larry j. Forney, and Eva M (2008) Comparison of Correspondence Analysis Methods for Synonymous Codon Usage in Bacteria. DNA research, 15, 357-365.

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