Codon Usage Generator のバックアップソース(No.1)

[[Bioinformatics Laboratory]]

-Codon Usage Generator (CUG)
本プログラムは,コドン組成を計算するためのソフトウェアです.
お手持ちのCDS塩基配列のFASTAファイルを入力すれば,各種(度数,百分率,千分率,相対コドン頻度(Relative codon frequency),相対同義語コドン頻度(Relative synonymous codon usage))を,
入力された全CDSと各CDSについて計算を行い,出力します.
出力結果は,CSV形式で保存可能です.

-ソフトウェアのダウンロード
プログラム(CUG[])をクリックください.
利用については,READMEをご確認ください.
公開日:2018/06/29
Version: 1.0

-動作環境
お使いのPCのOSに関係なく動作しますが、Javaで開発しておりますので、Java実行環境であるJRE(Java Runtime Environment)(≧Version 8)のインストールが必須となります。

-参考文献
+Kanaya S, Yamada Y, Kudo Y, Ikemura T (1999) Studies of codon usage and tRNA genes of 18 unicellular organisms and quantification of Bacillus subtilis tRNAs: gene expression level and species-specific diversity of codon usage based on multivariate analysis. Gene, 238, 143-155.
+Haruo Suzuki, Celeste J. Brown, Larry j. Forney, and Eva M (2008) Comparison of Correspondence Analysis Methods for Synonymous Codon Usage in Bacteria. DNA research, 15, 357-365.