2007年度 の履歴(No.1)

Ikemura Laboratory

2007年度卒業研究テーマ(実際の内容について)†

↑

環境由来DNA配列解析†

↑

DNA断片配列からの真核生物由来配列の探索と生物、ならびに遺伝子の多様性の解明(仮題)＠濱野†

DNA断片配列として、Venterらが配列決定したSargasso海由来のDNA断片配列(4,124,495配列)を対象として、これらの配列より、真核生物由来と推測される配列がどのぐらいあり、その多様性はどうなのかを明らかにする。
また、真核生物由来と推定されたDNA断片配列がどのような遺伝子を持っているか、また、真核生物特有の機能を持つ遺伝子(ヒストン遺伝子など)があるかを探索を行い、DNA断片で推定した結果との比較を行う。
これまで、原核生物を中心に系統推定を実施してきたため、真核生物については解析が遅れていた。それを今回の卒業研究の一環として、研究を行い、海水における真核生物の多様性の解明も実施したいと考えている。
また、出来れば、海水中に多いといわれているウィルスについても検討できれば、なお良いかな。
系統推定を行う手法として、阿部・池村らが開発してきたSOMによる系統推定法を適応し、DNA塩基配列の塩基特徴より、推定を実施する。
現在のSOMによる系統推定法は、徐々に対象を絞込んで推定を実施している。