川端美貴_ホモロジーモデリング の履歴(No.1)

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  • 1 (2010-05-12 (水) 07:05:56)

動画一覧

309319 川端美貴さんのデータより

ホモロジーモデリング†

ホモロジーモデリング　説明1†

分子の構造上の相同性に基づいて、機能などを推定する手法。



http://www.weblio.jp/content/%E3%83%9B%E3%83%A2%E3%83%AD%E3%82%B8%E3%83%BC%E3%83%A2%E3%83%87%E3%83%AA%E3%83%B3%E3%82%B0

ホモロジーモデリング　説明2†

「タンパク質の立体構造はアミノ酸配列だけで決まる」ということから、似たアミノ酸配列を持っているタンパク質どうしは、似た立体構造を持つことが期待できます。

また、共通の祖先タンパク質から進化してきたタンパク質（相同タンパク質）どうしを比べると、アミノ酸配列の変化のスピードに比べて立体構造の変化のスピードの方が遅いということが知られており、アミノ酸配列があまり似ていなくても相同タンパク質であれば立体構造はある程度似ていると期待できます。

これらのことから、あるタンパク質の立体構造を予測したい場合に、既に立体構造のわかっている相同なタンパク質を探してくることができれば、その立体構造を“まねる”ことで効率良く立体構造を予測できると考えられます。

このような考え方を使って立体構造を予測する方法を一般的に「ホモロジーモデリング法」、もしくは、「比較モデリング法」と呼び、ab initio 法に比べて多くのタンパク質の立体構造を高い精度で予測できることがわかっています。

ホモロジーモデリングによる精度の高い予測構造は、創薬の場でどんな化合物が結合するかを調べるなどの、実験的に決定された立体構造と同じように使われたりもします。

一方で精度の低い予測構造であっても、どのアミノ酸残基が空間的に近いところにあるかなどは十分な精度でわかり、実際に機能部位の推定などに使われています。



http://cherry.nagahama-i-bio.ac.jp/shionyu/index.php?plugin=attach&refer=%E7%94%9F%E5%91%BD%E6%83%85%E5%A0%B1%E7%A7%91%E5%AD%A6%E5%BF%9C%E7%94%A8%E5%AE%9F%E7%BF%92II%EF%BC%882009%E5%BE%8C%E6%9C%9F%EF%BC%89&openfile=text_2009.pdf

動画†

YASARA CASP8 presentation

音声がないのでよくわからない。サルデーニャCASP8会議でYASARAプレゼンテーション（ホモロジーモデリングセッション）

swiss PDB Viewer

ホモロジーモデリングソフトのプロトコール。英語。

画像†

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ページ作成者 nakaizumi