卒研2007-5 の履歴差分(No.1)

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[[卒業研究テーマ]]

*ヒトとチンパンジーの一括学習型自己組織化マップによるゲノム比較 [#v4a94ee8]

本研究では5連続塩基頻度の1024変数を対象にしてBLSOM解析を行い、ヒトとチンパンジーのゲノム配列上の差異を生む原因に、大きな影響を与えていると考えられる塩基配列を探した。
まずUCSCのhttp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg18/chromosomes/からヒトの全染色体の配列、http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/panTro2/chromosomes/からチンパンジーの全染色体の配列のFASTAファイルを取得し、ヒトとチンパンジーの全染色体について、ヒトとチンパンジーの20, 21, 22番染色体について、ならびにヒト21番染色体とチンパンジー22番染色体についてBLSOM解析を行った。次にこれら生物種間で特徴のある5連続塩基配列頻度を得るためのプログラムを作成した。BLSOM解析でうまく生物種間の分離がおきていた、ヒト21番染色体とチンパンジー22番染色体を対象にプログラムを実行させて差異のある5連続塩基配列頻度を選んだ。そしてその5連続塩基配列頻度においてBLSOM解析を行ったところ特徴の見られる5連続塩基頻度が見られなかったが、それ以外の５連続塩基頻度においてBLSOM解析を行ったところうまくヒトとチンパンジーの特徴のある塩基頻度を抽出できた。