Codon Usage Generator の履歴(No.6)

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  • 1 (2018-06-29 (金) 01:11:24)
  • 2 (2018-06-29 (金) 01:20:16)
  • 3 (2018-07-02 (月) 03:20:09)
  • 4 (2018-09-05 (水) 03:05:37)
  • 5 (2019-01-10 (木) 04:29:40)
  • 6 (2019-02-12 (火) 09:30:32)
  • 7 (2019-11-26 (火) 10:59:19)
  • 8 (2022-03-31 (木) 15:34:05)

Bioinformatics Laboratory

Codon Usage Generator (CUG)†

本プログラムは，コドン組成を計算するためのソフトウェアです．
お手持ちのCDS塩基配列のFASTAファイルを入力すれば，各種（度数，百分率，千分率，相対コドン頻度（Relative codon frequency），相対同義語コドン頻度（Relative synonymous codon usage））を，入力された全CDSと各CDSについて計算を行い，出力します．
出力結果は，CSV形式で保存可能です．

ソフトウェアのダウンロード†

プログラム（CUG）をクリックしてダウンロードください．
利用方法については，READMEファイルをご確認ください．
公開日：2019/02/12
Version: 2.2

更新情報†

1. Version 2.0 の出力結果において，「1st letter GCと3rd letter GCのカウント数と百分率が入れ替わっていた」バグがあったため，修正しました．（2019年1月10日）
2. Version 2.1の出力結果表示画面において，表示不具合があったため，修正しました．（2019年2月12日）

動作環境†

お使いのPCのOSに関係なく動作しますが、Javaで開発しておりますので、Java実行環境であるJRE(Java Runtime Environment)(≧Version 8)のインストールが必須となります。

参考文献†

1. Kanaya S, Yamada Y, Kudo Y, Ikemura T (1999) Studies of codon usage and tRNA genes of 18 unicellular organisms and quantification of Bacillus subtilis tRNAs: gene expression level and species-specific diversity of codon usage based on multivariate analysis. Gene, 238, 143-155.
2. Haruo Suzuki, Celeste J. Brown, Larry j. Forney, and Eva M (2008) Comparison of Correspondence Analysis Methods for Synonymous Codon Usage in Bacteria. DNA research, 15, 357-365.